湖南沙子岭猪SLA-DR基因克隆及生物信息学分析

doi:10.1360/yc-007-1491

遗传 ›› 2007, Vol. 29 ›› Issue (12): 1491-1496.doi: 10.1360/yc-007-1491

湖南沙子岭猪SLA-DR基因克隆及生物信息学分析

唐医亚¹, 邢晓为¹, 薛立群², 黄生强², 王维¹

1. 中南大学湘雅三医院细胞移植与基因治疗中心, 长沙 410013; 2. 湖南农业大学动物科学技术学院, 长沙 410128

收稿日期:2007-05-16 修回日期:2007-08-18 出版日期:2007-12-10 发布日期:2007-12-10
通讯作者: tangyiya

Cloning and Sequence Analysis of SLA-DR Gene in Hunan ShaziLing pigs.

TANG Yi-Ya¹, XING Xiao-Wei¹, XUE Li-Qun², HUANG Sheng-Qiang², WANG Wei¹

1. Cell Transplantation & Gene Therapy Center, The third Xiangya Hospital of Central South University, Changsha 410013, China; 2. Department of Animal Science and Technology, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China

Received:2007-05-16 Revised:2007-08-18 Online:2007-12-10 Published:2007-12-10
Contact: Tang yi－ya

摘要/Abstract

摘要：

为了克隆湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因, 分析SLA基因特性和抗原多态性, 评价湖南沙子岭猪在异种移植中的应用前景奠定基础。应用RT-PCR分别扩增湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因, 鉴定后克隆到PUCm-T载体并进行测序, 用NCBI中的BLAST和ExPASY中相关软件进行生物信息学分析。得到的湖南沙子岭猪SLA-DRA 和SLA-DRB 基因特异性基因片段, 大小分别为1 177 bp和909 bp。生物信息学分析发现, 所扩增的SLA-DRA 和SLA-DRB 基因片段均包含完整的开放阅读框, 分别编码252和266个氨基酸残基。将湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因在GenBank 登录, 登录号分别为EF143987和EF143988。同源性分析发现, 湖南沙子岭猪SLA-DRA 和SLA-DRB 与人类相应的DRA、DRB相比, 核苷酸序列同源性分别为83% 和83 %, 编码氨基酸同源性分别为83% 和79%。与GenBank 登录的其他猪种相比, SLA-DRA基因同源性最高可达100 %, 而SLA-DRB基因具有多态性。

关键词: 猪白细胞抗原, 沙子岭猪, 基因克隆, 异种移植

Abstract:

In order to clone class II DRA and DRB genes of swine leukocyte antigen (SLA) in Hunan Shaziling pigs, to analyze their characteristics and polymorphism and to provide immunological basic parameters for xenotransplantation from pigs to humans. SLA-DRA and SLA-DRB genes in two Shaziling pigs with the absence of porcine endogenous retrovirus (PERV) env-c were amplified by RT-PCR, cloned into PUCm-T vectors, sequenced and analyzed through BLAST in NCBI and related software in ExPASY. The obtained SLA-DRA and SLA-DRB genes of Shaziling pigs were 1 177 and 909 nucleotides in length with their accession numbers in Genbank as EF143987 and EF143988. Bioinformatics analyses have shown that they both contain opening reading frame (ORF) and encode 252 and 266 amino acids respectively. Comparing the ORF and protein sequences of the Shaziling SLA-DRA and SLA-DRB genes with their counterpart sequences of human, the homologies of nucleotide sequences were 83% and 83%, and the homologies of amino acid sequences 83 % and 79% respectively. Further comparison with SLA sequences published in GenBank indicated that SLA-DRB gene found in Shaziling pigs has polymorphism while the homology of SLA-DRA gene is up to 100 % .

唐医亚，邢晓为，薛立群，黄生强，王维. 湖南沙子岭猪SLA-DR基因克隆及生物信息学分析[J]. 遗传, 2007, 29(12): 1491-1496.

TANG Yi-Ya, XING Xiao-Wei, XUE Li-Qun, HUANG Sheng-Qiang, WANG Wei. Cloning and Sequence Analysis of SLA-DR Gene in Hunan ShaziLing pigs.[J]. HEREDITAS, 2007, 29(12): 1491-1496.

[1]	李智方, 冯冲, 纪慧丽, 石宁宁, 宋小凤, 赵勤丽, 龙川, 潘登科, 杨小淦. 绿色荧光蛋白在α-1,3半乳糖基转移酶敲除猪组织器官的表达分析[J]. 遗传, 2015, 37(12): 1211-1217.
[2]	何风华朱碧岩高峰李韶山李娘辉. 孟德尔豌豆基因克隆的研究进展及其在遗传学教学中的应用[J]. 遗传, 2013, 35(7): 931-938.
[3]	杨剑波，甘尚权，杨永林，张红琳，宋天增，冯静，杨井泉，高磊，石国庆，沈敏. 绵羊ILK基因的克隆及其在毛囊生长期的表达[J]. 遗传, 2012, 34(6): 719-726.
[4]	于辉，刘荣辉，李华，左启祯，李岩，吴珍芳. 猪5个群体SLA微卫星遗传多样性[J]. 遗传, 2012, 34(11): 1427-1433.
[5]	林佳丽，沈良才，潘登科，张瑾. 猪Gli1基因的克隆、表达谱分析及脂肪组织特异性表达载体的构建[J]. 遗传, 2012, 34(10): 1291-1297.
[6]	李玉坤，王学敏，高洪文，仁爱琴，王赞，孙桂枝. 东方山羊豆Cu/ZnSOD基因的克隆及表达分析[J]. 遗传, 2012, 34(1): 95-101.
[7]	刘伍限，贾斌，石国庆，任建功，刘卡，马润林. 绵羊FGF5基因的克隆、表达及RNA干扰[J]. 遗传, 2011, 33(9): 982-988.
[8]	苏建民，许文兵，李艳艳，王丽君，王勇胜，张涌. 转基因克隆牛胎盘中印迹基因PEG10的DNA甲基化水平[J]. 遗传, 2011, 33(5): 533-538.
[9]	帅建军，熊飞，彭日荷，姚泉洪，熊爱生. 多氯联苯的生物修复[J]. 遗传, 2011, 33(3): 219-227.
[10]	尹佟明. 林木基因组及功能基因克隆研究概述[J]. 遗传, 2010, 32(7): 677-684.
[11]	林荆，付凤玲，蒋伟，牟禹，雍太明，李晚忱. 垫状卷柏海藻糖-6-磷酸合成酶基因的克隆及功能分析[J]. 遗传, 2010, 32(5): 498-504.
[12]	杜金芳，曾勇庆，陈伟，崔景香，陈其美，杨伦，胡艳霞. 猪CuZnSOD基因的克隆、表达及功能分析[J]. 遗传, 2010, 32(10): 1037-1042.
[13]	杨宇，俸艳萍，龚萍，黄潘，李世军，彭秀丽，龚炎长. Cdk2ap1在不同性别鸡胚中的表达[J]. 遗传, 2009, 31(9): 936-940.
[14]	何川，吴近名，张希根，吴波，张义正. 黄孢原毛平革菌乙醇脱氢酶基因的克隆和表达[J]. 遗传, 2009, 31(5): 546-551.
[15]	喻达时，赵琼，邓克勤，郭新红. 拟南芥CK1A基因功能初步研究[J]. 遗传, 2009, 31(10): 1037-1042.

湖南沙子岭猪SLA-DR基因克隆及生物信息学分析

Cloning and Sequence Analysis of SLA-DR Gene in Hunan ShaziLing pigs.

PDF (PC)

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics