以绵羊MHC区段BAC克隆酶切片段为探针杂交筛选绵羊混合组织cDNA文库

doi:10.3724/SP.J.1005.2012.00887

遗传 ›› 2012, Vol. 34 ›› Issue (7): 887-894.doi: 10.3724/SP.J.1005.2012.00887

以绵羊MHC区段BAC克隆酶切片段为探针杂交筛选绵羊混合组织cDNA文库

杨小亮^1,2, 白大章², 邱巍², 董慧芹², 李大全¹, 陈芳², 马润林³, Hugh T Blair⁴, 高剑峰²

1 石河子大学动物科技学院, 新疆石河子 832003 2 石河子大学生命科学学院, 新疆石河子 832003 3 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101 4 梅西大学兽医、动物和生物医学科学研究所, 北怕默斯顿4442, 新西兰

收稿日期:2011-11-16 修回日期:2012-03-05 出版日期:2012-07-20 发布日期:2012-07-25
通讯作者: 高剑峰 E-mail:jianfengg@shzu.edu.cn
基金资助:
科技部国际合作重大项目(编号：2006DFB33750)和国家重点基础研究发展规划项目(973计划)(编号：2010CB530200)资助

Screening of tissues pooled cDNA library using probes by restricted fragments of BAC positive clones of ovine MHC

1. College of Animal Science and Technology, Shihezi University, Shihezi 832003, China 2. College of Life Science, Shihezi University, Shihezi 832003, China 3. Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Science, Beijing 100101, China 4. Institute of Veterinary, Animal and Biomedical Sciences, Massey University, Palmerston North 4442, New Zealand

Received:2011-11-16 Revised:2012-03-05 Online:2012-07-20 Published:2012-07-25
Contact: GAO Jian-Feng E-mail:jianfengg@shzu.edu.cn

摘要/Abstract

摘要： 在已知中国美利奴羊MHC(Major histocompatibility complex)区段BAC(Bacterial artificial chromosome)克隆序列信息和预测的基因注释前提下, 用位于中国美利奴羊基因组BAC文库MHC区段的6个BAC克隆酶切片段为探针, 以噬菌斑原位杂交筛选法筛选中国美利奴羊混合组织cDNA文库(库库杂交), 对分离到的cDNA阳性克隆进行全序列测定, 并与相应的已知序列信息和基因注释的BAC克隆比对以及在NCBI Blastn数据库中序列相似性检索, 旨在验证基因注释结果的准确性和对基因(序列)功能的初步分析。实验中, 经过两轮杂交共筛选出27个cDNA阳性克隆(序列), 并发现这些序列均可定位到相应的BAC克隆上, 且25条序列处在注释基因的外显子部分; 在NCBI 数据库中经Blastn序列相似性检索发现, 23条序列与牛基因的序列相似性最高, 且与免疫功能密切相关。

关键词: 绵羊MHC, 细菌人工染色体(BAC), cDNA文库, 噬菌斑原位杂交

Key words: cDNA library, plaque in situ hybridization, ovar-MHC, bacterial artificial chromosome (BAC)

杨小亮，白大章，邱巍，董慧琴，李大全，陈芳，马润林，Hugh T Blair，高剑峰. 以绵羊MHC区段BAC克隆酶切片段为探针杂交筛选绵羊混合组织cDNA文库[J]. 遗传, 2012, 34(7): 887-894.

YANG Xiao-Liang, BAI Da-Zhang, QIU Wei, DONG Hui-Qin, LI Da-Quan, CHEN Fang, MA Run-Lin, Hugh T Blair, GAO Jian-Feng. Screening of tissues pooled cDNA library using probes by restricted fragments of BAC positive clones of ovine MHC[J]. HEREDITAS, 2012, 34(7): 887-894.

参考文献

[1] Danchin E, Vitiello V, Vienne A, Richard O, Gouret P, McDermott MF, Pontarotti P. The major histocompatibility complex origin. Immunol Rev, 2004, 198(1): 216-232.
[2] Outteridge PM, Stewart DJ, Skerrnan TM, Dufty JH, Egerton JR, Ferrier G, Marshall DJ. A positive association between resistance to ovine footrot and particular lym-phocyte antigen types. Aust Vet J, 1989, 66(6): 175-179.
[3] Hohenhaus MA, Outteridge PM. The immunogenetics of resistance to Trichostrongylus colubriformis and Haemonchus contortus parasites in sheep. Br Vet J, 1998, 151(2): 119-140.
[4] Tizard IR. Acquired immunity: antigen-presenting receptors. In: Veterinary Immunology: An Introduction. Philadephia, USA, Elsevier, 2004: 67-77.
[5] Horton R, Wilming L, Rand V, Lovering RC, Bruford EA, Khodiyar VK, Lush MJ, Povey S, Talbot CC Jr, Wright MW, Wain HM, Trowsdale J, Ziegler A, Beck S. Gene map of the extended human MHC. Nat Rev (Genetics), 2004, 5(12): 889-899.
[6] Dukkipati VSR, Blair HT, Garrick DJ, Murray A. ‘Ovar- Mhc’- Ovine major histocompatibility complex: Role in genetic resistance to diseases. New Zealand Vet J, 2006, 54(4): 153-160.
[7] Dukkipati VSR, Blair HT, Garrick DJ, Murray A. ‘Ovar-Mhc’ - Ovine major histocompatibility complex: Structure and gene polymorphisms. Genet Mol Res, 2006, 5(4): 581-608.
[8] Liu HB, Liu K, Wang JF, Ma RZ. A BAC clone-based physical map of ovine major histocompatibility complex. Genomics, 2006, 88(1): 88-95.
[9] 李鑫, 邹毅辉, 杨小亮, 李桂芳, 李峰, 陈芳, 石国庆, 高剑峰. 中国美利奴羊外周免疫器官cDNA文库的构建及鉴定. 石河子大学学报(自然科学版), 2010, 28(5): 529-533.
[10] Liu K, Zhang P, Gao J, Liu H, Li G, Qiu Z, Zhang Y, Ren J, Tan P, Ma RZ. Closing a gap in the physical map of the ovine major histocompatibility complex. Anim Genet, 2010, 42(2): 204-207.
[11] Gao JF, Liu K, Liu HB, Blair HT, Li G, Chen CF, Tan PP, Ma RZ. A complete DNA sequence map of the ovine Ma-jor Histocompatibility Complex. BMC Genomics, 2010, 11(1): 466-474.
[12] 焦莎莎, 刘卡, 李刚, 高剑峰, 马润林. 绵羊MHC区段3个预测基因的验证与表达分析. 遗传, 2011, 33(12): 1353-1358.
[13] Snell RG, Doucette-Stamm LA, Gillespie KM, Taylor SAM, Riba L, Bates GP, Altherr MR, MacDonald ME, Gusella JF, Wasmuth JJ, Lehrach H, Housman DE, Harper PS, Shaw DJ. The isolation of cDNAs within the Hunt-ington disease region by hybridization of yeast artificial chromosomes to a cDNA library. Human Mol Genet, 1993, 2(3): 305-309.
[14] 韩力薇, 覃文新, 赵新泰, 黄弋, 张萍萍, 万大方, 顾健人. 以PAC和BAC克隆为探针筛选cDNA文库. 上海医科大学学报, 2000, 27(6): 449-452.
[15] 李谨, 杨公社, 陈创夫, 刘海波, 马润林, 王金富. 新疆军垦型细毛羊基因组BAC文库的构建. 中国生物化学与分子生物学学报, 2006, 22(11): 880-885.
[16] 詹勇华, 陈创夫, 高剑峰, 王金富. 中国美利奴细毛羊BAC文库的质量评价. 石河子大学学报(自然科学版), 2006, 24(1): 102-104.
[17] Sambrook J. 分子克隆实验指南. 黄培堂译. 北京: 科学出版社, 2002.
[18] Kulski JK, Shiina T, Anzai T, Kohara S, Inoko H. Com-parative genome analysis of the MHC: the evolution of class I duplication blocks, diversity and complexity from shark to man. Immunol Rev, 2002, 190(1): 95-122.
[19] Burge CB, Karlin S. Finding the genes in genomic DNA. Curr Opin Struct Biol, 1998, 8(3): 346-354.
[20] Florea L, Hartzell G, Z Zhang, Rubin GM, Miller W. A computer program for aligning a cDNA sequence with a genomic DNA sequence. Genome Res, 1998, 8(9): 967-974.
[21] 覃文新, 万大方, 顾健人. 人基因组中表达序列的分离. 自然杂志, 1998, 20(6): 314-317.

编辑推荐

Metrics

www.chinagene.cn
备案号：京ICP备09063187号-4
总访问:,今日访问:,当前在线:

以绵羊MHC区段BAC克隆酶切片段为探针杂交筛选绵羊混合组织cDNA文库

Screening of tissues pooled cDNA library using probes by restricted fragments of BAC positive clones of ovine MHC

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

[1]	杨扬，王博石，汪晓敏，张钰，王明荣，贾雪梅. 食管癌细胞抗失巢凋亡基因UBCH7的发现与鉴定[J]. 遗传, 2012, 34(2): 190-197.
[2]	郝丽，李和平，严历. 梅花鹿鹿茸尖端组织ESTs分析[J]. 遗传, 2011, 33(4): 371-377.
[3]	杨红丽，王彦昌，黄宏文. ‘红阳’猕猴桃cDNA文库构建及F3H基因的表达初探[J]. 遗传, 2009, 31(12): 1265-1272.
[4]	刘关君，王丽娟，秦智伟，孟令波 . 黄瓜叶片细菌性角斑病侵染初期cDNA文库分析[J]. 遗传, 2009, 31(10): 1042-1048.
[5]	史冬燕，杨明挚，黄兴奇，陈善娜，程在全. 元江普通野生稻叶片cDNA文库的构建及部分基因片段分析[J]. 遗传, 2008, 30(6): 776-780.
[6]	毛新国，景蕊莲，孔秀英，赵光耀，贾继增. 几种全长cDNA文库构建方法比较[J]. 遗传, 2006, 28(7): 865-873.
[7]	林俊堂，李玉昌，张会勇，徐存拴. 常氏肝癌细胞cDNA文库的构建及ADAMs相关基因的免疫筛选与序列分析[J]. 遗传, 2004, 26(6): 793-796.
[8]	张会勇，李玉昌，林俊堂，徐存拴. 大鼠热激因子结合蛋白1全长cDNA克隆与分析Cloning[J]. 遗传, 2004, 26(5): 647-652.
[9]	瞿文全，金治平，赵德修，陈亚琼，李名扬. 快速简便筛选cDNA文库的SSS法[J]. 遗传, 2003, 25(5): 583-586.
[10]	梁东春，张俊，谢娟，左爱军，张镜宇. 牦牛肝脏cDNA文库的构建[J]. 遗传, 2003, 25(4): 437-439.
[11]	王强，刘秋云，李宝健. 发现新基因的高效方法——cDNA文库的复性式均一化技术[J]. 遗传, 2002, 24(3): 325-328.
[12]	杜占文，刘立仁，张俊武. 用RACE结合cDNA文库筛选的方法获取新的锌指蛋白基因[J]. 遗传, 2002, 24(3): 329-331.
[13]	王秀利，李宁，赵志辉，冯继东，赵兴波，李长绿，吴常信. 香猪肌肉组织cDNA文库的构建及其EST测序成功率的分析[J]. 遗传, 2002, 24(3): 263-266.
[14]	崔东红，张伟，姚华，王国荃，艾秀莲，王新远，吉军，刘开泰，许素玲. 正常人体淋巴细胞cDNA文库的构建[J]. 遗传, 2002, 24(2): 143-145.
[15]	祝骥，马文丽，李凌，姚汝华，郑文岭. 一种限制性cDNA文库的构建[J]. 遗传, 2002, 24(2): 174-176.