遗传 ›› 2012, Vol. 34 ›› Issue (12): 1614-1623.doi: 10.3724/SP.J.1005.2012.01614

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茶树CBF1基因密码子使用特性分析

郭秀丽, 王玉, 杨路成, 丁兆堂   

  1. 青岛农业大学茶叶研究所, 青岛 266109
  • 收稿日期:2012-07-02 修回日期:2012-07-25 出版日期:2012-12-20 发布日期:2012-12-25
  • 通讯作者: 丁兆堂 E-mail:dzttea@163.com
  • 基金资助:

    国家科技支撑计划项目(编号:2011BAD01B01), 山东省科技发展计划(编号:2011GNC11010)和山东省自然科学基金项目(编号:ZR2010CL021、2009ZRB01654)资助

Analysis of codon use features of CBF gene in Camellia sinensis

GUO Xiu-Li, WANG Yu, YANG Lu-Cheng, DING Zhao-Tang   

  1. Tea Research Institute, Qingdao Agricultural University, Qingdao 266109, China
  • Received:2012-07-02 Revised:2012-07-25 Online:2012-12-20 Published:2012-12-25

摘要: 转录因子CBF(C-repeat-binding factor)广泛存在于各种植物中, 是植物抗逆过程中一个重要的调节因子。文章运用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序对茶树(Camellia sinensis)CBF1基因(CsCBF1)序列进行分析, 并与茶树基因、模式植物基因组和其他植物CBF基因进行比较, 对了解CsCBF1基因密码子使用特性, 并为其选择合适的表达系统具有重要意义。结果表明:CsCBF1基因与70个茶树基因对密码子的使用有明显的差异, CsCBF1基因偏好使用以G/C结尾的密码子, 而筛选的70个茶树基因偏好使用以A/T结尾的密码子。在密码子使用频率上, CsCBF1基因与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、烟草(Nicotiana tobacum)的差异小于与小麦(Triticum aestivum)、玉米(Zea mays)的差异; 因此, 拟南芥、烟草更适合作为CsCBF1基因的外源表达宿主。通过分析40种植物CBF基因编码特点可知大部分CBF基因偏好使用以G/C结尾的密码子, 这可能与基因的特殊功能有关。

关键词: 茶树, CBF1基因, 密码子偏好性

Key words: Camellia sinensis, CBF1 gene, codon bias