植物病原细菌Pseudomonas syringae pv. tomato基因组中的信号肽分析

遗传 ›› 2005, Vol. 27 ›› Issue (6): 959-964.

植物病原细菌Pseudomonas syringae pv. tomato基因组中的信号肽分析

刘雅婷1; 李正跃2; 朱有勇3; 李成云3

云南农业大学农学与生物技术学院，昆明650201

收稿日期:2004-11-10 修回日期:2005-03-01 出版日期:2005-12-10 发布日期:2005-12-10
通讯作者: 李成云

Analysis of the Coding Region for Signal Peptide-Containing Proteins in Pseudomonas syringae pv. tomato Genome

LIU Ya-Ting1, LI Zheng-Yue2, ZHU You-Yong3 , LI Cheng-Yun3*

Faculty of Agricultural and Biotechnology , Yunnan Agricultural University，Kunming 650201，China；

Received:2004-11-10 Revised:2005-03-01 Online:2005-12-10 Published:2005-12-10
Contact: LI Cheng-Yun

摘要/Abstract

摘要： 应用SignalP 3.0 对植物病原细菌Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000菌株基因组中的全部5 615个ORFs进行了分析，确定其中679个ORFs所编码蛋白质的N-端有信号肽序列，其中已经命名并有注释的有107个ORFs。信号肽的长度以19 ~31 个氨基酸居多，其中最多的是23 个氨基酸的信号肽。具有信号肽的ORFs编码蛋白的长度大多为101~400 个氨基酸之间。同时，对组成信号肽的氨基酸种类作了系统的分析，发现组成信号肽的氨基酸中非极性氨基酸占48.54%，极性氨基酸占18.67%，带负电荷氨基酸占24.54%，带正电荷氨基酸仅占8.00%，出现最多的3种氨基酸依次为亮氨酸、丙氨酸和丝氨酸，最少的氨基酸是异亮氨酸，在切割位点-1端的氨基酸中83.211%均为丙氨酸，在切割位点后3位的氨基酸中最多的氨基酸也是丙氨酸。通过分析确定628个分泌类信号肽，36个信号肽具有RR-motif的保守区段，15个脂蛋白类信号肽，未发现Prepilin-like 信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽。

关键词: 信号肽, RR-motif, Pseudomonas syringae pv. tomato, ORF, 脂蛋白

Abstract: The completed 5 615 ORFs of chromosome sequence of Pseudomonas syringae pv. tomato were analyzed by SignalP 3.0. The result revealed that 679 ORFs consisted of putative secretary proteins with signal peptides. 107 ORFs of signal peptides have been named. The length of most signal peptides was different from 19 amino acids to 31 amino acids, and the most dominant one was 23 amino acids in length. The size of most ORFs varied between 101 ~ 400 amino acids. The frequency of particular amino acids in signal peptides by statistical approach was 48.54% for hydrophobic, 18.67% for uncharged, 24.54% for negative and 8.00% for positive amino acids. The most frequent amino acid was alanine, and the least was isoleucine. Three classes of signal peptides were found in the genome of P. syringae pv. tomato: 501 ORFs belong to secretary signal peptides, 36 ORFs belong to twin-arginine signal peptides, and 15 ORFs belong to lipoprotein signal peptides. Type IV pilin signal

中图分类号:

Q75
S432.1

刘雅婷，李正跃，朱有勇，李成云. 植物病原细菌Pseudomonas syringae pv. tomato基因组中的信号肽分析[J]. 遗传, 2005, 27(6): 959-964.

LIU Ya-Ting, LI Zheng-Yue, ZHU You-Yong, LI Cheng-Yun*. Analysis of the Coding Region for Signal Peptide-Containing Proteins in Pseudomonas syringae pv. tomato Genome[J]. HEREDITAS, 2005, 27(6): 959-964.

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