图1

肝癌中差异表达的失巢凋亡相关基因的鉴定 A：火山图展示了肝癌组织和非肝癌组织中差异表达的基因。蓝点表示显著下调的基因，红点表示显著上调的基因，x轴代表差异表达基因的倍数变化的对数，y轴代表基于校正后的P值；B：文氏图展示肝癌中异常表达基因和ARG的重叠；C：热图展示了74个在非肿瘤组织和肝癌组织中差异表达的ARG。ARG：失巢凋亡相关基因。"

图2

肝癌相关ARG预后风险模型的构建及验证 A：通过10倍交叉验证确定LASSO回归模型最佳惩罚因子；B：33个ARG的LASSO回归系数曲线。不同的颜色代表不同的基因；C：森林图显示单因素Cox回归分析显示9个最佳预后ARG的HR和95% CI；D：热图展示了9个最佳预后ARG在TCGA肝癌患者(346例)中的表达水平；E：根据风险评分对肝癌患者进行排序；F：散点图展示了HCC患者生存时间与预后风险评分的相关性。使用χ2检验计算P值；G：三维散点PCA图展示了高风险和低风险评分的肝癌患者；H：根据ARG预后风险模型，分析TCGA肝癌队列中高风险组和低风险组的肝癌患者的Kaplan-Meier生存曲线；I：根据ARG预后风险模型，验证GSE144269队列中具有高风险和低风险评分的肝癌患者的Kaplan-Meier生存曲线。Cox回归分析计算风险比(HR)和95%置信区间(CI)，log-rank检验计算P值。HR：风险比；CI：置信区间；PCA：主成分分析；TCGA：癌症基因组图谱。"

图3

ARG风险预后模型的综合评估 A：森林图显示多变量Cox回归分析风险评分和临床因素的P值和HR；B：根据ROC曲线和AUC值评估风险评分和临床因素预测1年、3年和5年生存的能力；C：基于风险评分和临床因素构建的肝癌患者的1年、3年和5年生存概率预后列线图；D：校准曲线展示了预后列线图预测和实际的肝癌患者1年、3年和5年生存概率的一致性。对角虚线代表了理想模型的完美预测。HR：风险比；CI：置信区间；ROC：受试者工作特征；AUC：曲线下面积；T：肿瘤大小；N：淋巴结转移；M：远端转移。*：P<0.05，***：P<0.001。"

图4

风险评分与肝癌患者临床因素之间相关性分析及分层生存分析 A、C和E：风险评分分别与患者年龄、性别和临床T分期之间的相关性。运用Wilcoxon检验计算P值；B、D和F：分别按年龄(≥60 vs <60岁)、性别(男性 vs 女性)、临床T分期(T1、T2、T3、T4分期两两比较)分层的肝癌患者风险评分的生存分析。运用Kaplan-Meier生存分析绘制不同组别的生存曲线，Cox回归分析计算风险比(HR)和95%置信区间(CI)，log-rank检验计算P值。HR：风险比；CI：置信区间。"

图5

基于ARG构建的预后模型的生物学意义 A：GO富集分析鉴定到不同风险组差异基因富集的生物学过程；B：KEGG富集分析鉴定到不同风险组差异基因富集的信号通路网络图；C：GSEA鉴定高、低风险组显著富集的信号通路。NES：归一化富集分数。"

图6

失巢凋亡相关基因对免疫细胞浸润的影响 A：根据风险评分，通过CIBERSORT预测TCGA-LIHC肿瘤中22种免疫细胞比例的热图；B：免疫细胞比例和风险评分之间相关性的热图。运用Spearman相关性分析计算相关系数(Rho)；C：高风险组和低风险组免疫细胞浸润情况。采用Kruskal-Wallis检验计算显著差异；D：高风险和低风险组中13种免疫功能特征打分情况；E：风险评分和免疫检查点表达水平的相关性热图。运用Spearman相关性分析计算相关系数(Rho)；F：高风险和低风险组中免疫检查点的表达水平分析。采用Kruskal-Wallis检验计算显著差异。GSEA：基因集富集分析；TPM：转录本每百万读数；APC：抗原呈递细胞；CCR：C-C趋化因子受体；HLA：人类白细胞抗原；MHC：主要组织相容性复合体；IFN：干扰素。*：P<0.05，**：P< 0.01，***：P<0.001，****：P< 0.0001，ns表示不显著(non-significant)。"

图7

ARG风险评分在肝癌微环境中各细胞类型中的分布及其与肝癌患者免疫治疗响应之间的关系 A：UMAP图展示了肝癌肿瘤微环境中主要细胞类型的分布情况。肝癌单细胞转录组数据来源于GSE149614(包括10例肝癌患者肿瘤样本的40,373个单细胞)；B：ARG风险评分在肝癌微环境的各细胞类型中的活性；C：高风险组和低风险组中免疫细胞富集情况。采用Ro/e指数进行组间差异比较；D：高风险组和低风险组免疫细胞浸润比例变化；E：ARG风险评分在肝癌PD-L1单抗治疗队列中响应和未响应患者中的分布差异。此队列基因表达谱数据集来源于GSE279750(包括10例肝癌患者)，采用秩和检验计算P值。NR：无响应患者；R：响应患者；Ro/e：观察到的细胞数与预期细胞数的比值；Tcm：中央记忆T细胞；Th1：辅助I型T细胞；Treg：调节T细胞；Te：效应T细胞；Tex：耗竭T细胞；Tm：记忆T细胞；Tpro：增殖T细胞；DC：树突状细胞；Mac：巨噬细胞；NK：自然杀伤性细胞；NKT：自然杀伤性T细胞；Fib：成纤维细胞；Endo：内皮细胞；Epi：上皮细胞。"

图8

BSG在多种肿瘤中表达显著上调，且与肝癌的不良预后显著相关 A：BSG在肝癌与非肿瘤组织中的表达水平。运用秩和检验计算P值；B：BSG在肝癌中的表达与生存率之间的相关性分析。运用Kaplan-Meier生存分析绘制不同组别的生存曲线，Cox回归分析计算风险比(HR)和95%置信区间(CI)，log-rank检验计算P值；C：BSG在13种肿瘤中的表达水平。HR：风险比；CI：置信区间；TCGA：癌症基因组图谱；TPM：转录本每百万读数；BLAC：膀胱尿路上皮癌；BRCA：乳腺浸润性癌；CHOL：胆管癌；ESCA：食管癌；HNSC：头颈部鳞状细胞癌；KICH：肾嫌色细胞癌；KIRC：肾透明细胞癌；LUAD：肺腺癌；LUSC：肺鳞状细胞癌；PRAD：前列腺腺癌；STAD：胃腺癌；THCA：甲状腺癌；UCEC：子宫内膜癌；T：肿瘤样本；N：非肿瘤样本。*：P<0.05，**：P< 0.01，***：P<0.001，ns表示不显著(non-significant)。"