大黄鱼耐低温性状相关微卫星标记的筛选

doi:10.3724/SP.J.1005.2010.00248

遗传 ›› 2010, Vol. 32 ›› Issue (3): 248-253.doi: 10.3724/SP.J.1005.2010.00248

大黄鱼耐低温性状相关微卫星标记的筛选

高国强^{1, 2}, 常玉梅¹, 韩启霞^{1, 2}, 池炳杰^{1, 2}, 李明云³, 薛良义³, 梁利群¹

1. 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所, 哈尔滨 150070;
2. 上海海洋大学水产与生命学院, 上海 201306;
3. 宁波大学生命学院, 宁波 315211

收稿日期:2009-07-09 修回日期:2009-10-27 出版日期:2010-03-20 发布日期:2010-03-15
通讯作者: 梁利群 E-mail:llq-1019@163.com
基金资助:
国家高技术研究发展计划项目(863计划)(编号：2006AA10A405)资助

Screening of microsatellite markers associated with cold tolerance of large yellow croaker (Pseudosciaena crocea R.)

GAO Guo-Qiang^{1, 2}, CHANG Yu-Mei¹, HAN Qi-Xia^{1, 2}, CHI Bing-Jie^{1, 2}, LI Ming-Yun³, XUE Liang-Yi³,
LIANG Li-Qun¹

1. Heilongjiang River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Harbin 150070, China;
2. College of Fisheries and Life Sciences, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;
3. College of Life Sciences, Ningbo University, Ningbo 315211, China

Received:2009-07-09 Revised:2009-10-27 Online:2010-03-20 Published:2010-03-15
Contact: LIANG Li-Qun E-mail:llq-1019@163.com

摘要/Abstract

摘要：

鱼类的耐低温性状是一种重要的经济性状。为了初步分析大黄鱼的耐低温性状, 文章采用15对荧光微卫星标记, 以SSR-PCR方法对大黄鱼低温耐受组和正常对照组F₁代共40个个体进行了耐低温性状遗传差异分析。结果显示, 标记LYC0002在两组样品中共扩增出5个等位基因(片段大小分别为112 bp、110 bp、108 bp、106 bp和104 bp), 其中LYC00021_{12 bp}等位基因在低温耐受组的出现频率达60%, 而在正常对照组中的频率为零, 表明该等位基因对大黄鱼的温度敏感特性有较明显的偏好性, 可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系。此外, 对LYC0002_{106 bp、}LYC0002_{108 bp}、LYC0002_{110 bp} 和 LYC0002_{112 bp} 4个等位基因分别进行了回收、克隆及测序。序列比对结果显示, LYC0002_{112 bp}等位基因含有10个(CA)重复单元, 而其他3个等位基因依次缺失1个(CA)重复单元, 说明LYC0002在本研究样本中的突变方式为微卫星逐步突变模型(Stepwise mutation model, SMM)。

关键词: 大黄鱼, 耐低温, 微卫星, 荧光染料

Abstract:

Cold tolerance is one of the major economic characters in fish. In order to discuss the cold tolerance of large yellow croaker (Pseudosciaena crocea R.), fifteen fluorescent dye-labeled microsatellite markers were applied to detect genetic differences between F₁ offsprings of cold tolerance group and normal group of large yellow croaker by SSR-PCR. Each group contained 20 randomly and separately sampled individuals. As a result, marker LYC0002 five alleles (LYC0002_{104 bp}, LYC0002_{106 bp}, LYC0002_{108 bp}, LYC0002_{110 bp}, and LYC0002_{112 bp}) were amplified with marker LYC0002 in both groups and 60% (12/20) of individuals had allele LYC0002_{112 bp} in cold tolerance group exclusively, which indicated that this allele is probably sensitive to temperature and associated with gene for cold tolerance. In addition, four alleles (LYC0002_{106 bp}, LYC0002_{108 bp}, LYC0002_{110 bp}, and LYC0002_{112 bp}) were sequenced individually. Sequence alignments showed that LYC0002_{112 bp} allele contains 10 (CA) repeats, the remaining three alleles lacked one (CA) one by one, corresponding to the stepwise mutation model (SMM) of microsatellite.

Key words: large yellow croaker (Pseudosciaena crocea R.), cold tolerance, microsatellite, fluorescent dye

高国强，常玉梅，韩启霞，池炳杰，李明云，薛良义，梁利群. 大黄鱼耐低温性状相关微卫星标记的筛选[J]. 遗传, 2010, 32(3): 248-253.

GAO Guo-Jiang, CHANG Yu-Mei, HAN Qi-Xia, CHE Bing-Jie, LI Meng-Yun, XUE Liang-Xi, LIANG Li-Qun. Screening of microsatellite markers associated with cold tolerance of large yellow croaker (Pseudosciaena crocea R.)[J]. HEREDITAS, 2010, 32(3): 248-253.

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Screening of microsatellite markers associated with cold tolerance of large yellow croaker (Pseudosciaena crocea R.)

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