遗传 ›› 2014, Vol. 36 ›› Issue (2): 152-168.doi: 10.3724/SP.J.1005.2014.0152

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蒺藜苜蓿全基因组中WRKY转录因子的鉴定与分析

宋辉, 南志标   

  1. 兰州大学草地农业科技学院, 兰州 730020
  • 收稿日期:2013-09-26 修回日期:2013-11-04 出版日期:2014-02-20 发布日期:2014-01-25
  • 通讯作者: 南志标, 院士, 研究方向:草业科学。E-mail: zhibiao@lzu.edu.cn E-mail:zhibiao@lzu.edu.cn
  • 作者简介:宋辉, 在读博士研究生, 研究方向:草类生物技术。E-mail: songh12@lzu.edu.cn
  • 基金资助:

    国家重点基础研究发展计划(“973”计划)项目(编号:2014CB138702)资助

Genome-wide identification and analysis of WRKY transcription factors in Medicago truncatula

Hui Song, Zhibiao Nan   

  1. College of Pastoral Agricultural Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou 730020, China
  • Received:2013-09-26 Revised:2013-11-04 Online:2014-02-20 Published:2014-01-25

摘要:

WRKY基因家族是植物基因组内一类重要的转录因子, 参与植物许多生理生化过程, 如植物发育、代谢以及生物和非生物胁迫。目前, 已在多种植物中鉴定出WRKY基因家族, 但是关于蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.) WRKY基因家族的系统分析鲜有报道。文章利用生物信息学方法, 从蒺藜苜蓿全基因组中共鉴定出93个WRKY基因, 包括81个标准的WRKY基因(19个Ⅰ型基因, 49个Ⅱ型基因以及13个Ⅲ型基因)和12个非标准类型的WRKY基因。对这些WRKY基因进行了基因重复、染色体定位、基因结构、保守基序和系统进化等方面的分析。蒺藜苜蓿WRKY基因家族中最近共发生了11次基因重复事件, 共涉及24个基因, 占全部WRKY基因的26%。染色体物理定位分析表明, 蒺藜苜蓿WRKY基因在染色体上呈不均匀分布, 存在6个基因簇。对WRKY Ⅲ型基因的进化分析表明, 它们在长期的进化过程中受纯化选择压力。

关键词: WRKY, 蒺藜苜蓿, 基因重复, 系统进化, EST表达模式

Abstract:

WRKY基因家族是植物基因组内一类重要的转录因子, 参与植物许多生理生化过程, 如植物发育、代谢以及生物和非生物胁迫。目前, 已在多种植物中鉴定出WRKY基因家族, 但是关于蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.) WRKY基因家族的系统分析鲜有报道。文章利用生物信息学方法, 从蒺藜苜蓿全基因组中共鉴定出93个WRKY基因, 包括81个标准的WRKY基因(19个Ⅰ型基因, 49个Ⅱ型基因以及13个Ⅲ型基因)和12个非标准类型的WRKY基因。对这些WRKY基因进行了基因重复、染色体定位、基因结构、保守基序和系统进化等方面的分析。蒺藜苜蓿WRKY基因家族中最近共发生了11次基因重复事件, 共涉及24个基因, 占全部WRKY基因的26%。染色体物理定位分析表明, 蒺藜苜蓿WRKY基因在染色体上呈不均匀分布, 存在6个基因簇。对WRKY Ⅲ型基因的进化分析表明, 它们在长期的进化过程中受纯化选择压力。

Key words: WRKY, 蒺藜苜蓿, 基因重复, 系统进化, EST表达模式