研究报告 栏目所有文章列表(按年度、期号倒序)
    一年内发表的文章 |  两年内 |  三年内 |  全部
Please wait a minute...
选择: 显示/隐藏图片
多组学关联分析揭示表观等位基因在拟南芥环境适应性进化中的作用及机制
梅志超, 位竹君, 于佳慧, 冀凤丹, 解莉楠
遗传    2020, 42 (3): 321-331.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-348
录用日期: 2020-03-16

摘要525)   HTML28)    PDF (1225KB)(249)   

表观等位基因一般是指仅由DNA甲基化差异引起的表达量不同的等位基因,对植物形态结构和各种生理过程具有重要影响。但自然条件下环境因素对植物表观等位基因的影响还不清楚,同时表观等位基因在植物环境适应性进化中的作用和机制还亟待探究。为了在全基组水平鉴定拟南芥(Arabidopsis thaliana)中与特定环境因素相关的表观等位基因,并分析它们参与拟南芥环境适应性进化的可能机制,本研究利用623株拟南芥生态型的转录组、甲基化组和种源地气候数据进行多组学关联分析,并同时进行了蛋白互作网络和基因富集分析。以春季和夏季降水量为例,本研究最终鉴定到5个基因(AGL36AT2G34100AT4G09360LSU4AT5G56910)可能具有相应的表观等位基因,基因内部或附近特定区域不同甲基化水平对它们的表达可能具有调控作用。其中与种子发育有关的印记基因AGL36首次被发现可能作为表观等位基因参与拟南芥环境适应性进化,其他4个基因均与生物胁迫响应有关。自然条件下降水量能影响当地病虫害的严重程度,而DNA甲基化能通过影响这4个免疫基因的表达来影响拟南芥免疫能力。在长期演化过程中有利于个体适应当地降水模式的表观等位基因受到正向选择,这可能是这些表观等位基因参与拟南芥降水适应性进化的潜在机制。通过蛋白互作网络、GO功能分析和KEGG通路分析,本研究还首次发现LSU4可能与LSU基因家族其他成员一样参与硫代谢网络,并通过影响硫代葡萄糖苷代谢参与拟南芥生物胁迫响应。

水稻典型品种日本晴和IR24根系微生物组的解析
胡雅丽, 戴睿, 刘永鑫, 张婧赢, 胡斌, 储成才, 袁怀波, 白洋
遗传    2020, 42 (5): 506-518.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-070
录用日期: 2020-04-26

摘要501)   HTML24)    PDF (1366KB)(447)   

植物的各项生命活动与其根系微生物组密不可分,且根系微生物组的组成易受到植物生长环境和基因型的影响。为进一步探究中国北方地区种植的不同品种水稻根系微生物组的差异及其相互作用机制,本研究以种植于北京昌平和上庄农场的水稻典型品种日本晴(Nipponbare)和IR24为研究对象,基于16S rRNA基因扩增子测序技术获得根系微生物组序列,利用多样性分析、组成型分析、机器学习的随机森林和网络分析等方法,对旺盛生长期的两种不同品种的水稻根系微生物组进行详细比较。研究发现,种植地点和水稻基因型显著影响了水稻根系微生物组的群落结构,不同基因型导致了根系微生物组在物种分类组成上以及细菌间相互关系的差异,而且根系微生物组能作为生物标记跨地点区分宿主的基因型。本研究结果为深入理解我国北方种植的水稻根系微生物组的组成规律以及从根系微生物与植物互作的角度对品种进行改良提供了数据和理论基础。

中国西南地区藏族人群遗传亚结构研究
王小娟, 钱恩芳, 李悦, 宋正阳, 赵慧, 谢何鑫, 李彩霞, 黄江, 江丽
遗传    2020, 42 (6): 565-576.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-330
录用日期: 2020-04-17

摘要417)   HTML13)    PDF (1031KB)(191)   

藏族为中国西南地区典型的少数民族,分为卫藏、康巴、安多和嘉绒等多个支系。然而,对藏族支系人群的遗传结构,特别是各分支人群的父系、母系遗传结构却缺乏深度解析。本研究基于个体水平的常染色体、父系来源的Y染色体和母系来源的线粒体3个类别遗传信息,对西藏地区卫藏藏族、四川甘孜地区康巴藏族、青海地区安多藏族和四川阿坝地区嘉绒藏族共4个藏族群体进行研究,以揭示其遗传亚结构关系。采用微测序技术检测各位点分型,利用PowerPlex ?Y23和DNATyper TM Y26试剂盒检测Y-STRs基因座分型,通过热图和主成分分析、祖先成分分析、单倍群频率统计、网络图及多维尺度分析等探讨其遗传亚结构。结果表明,常染色体和Y染色体遗传标记可将4个藏族人群分为3类:青藏高原的卫藏藏族为一类,高原周边地区的康巴藏族和安多藏族的遗传结构类似分为一类,“藏彝走廊”中嘉绒藏族的遗传结构与其他藏族人群差异显著而为一类。不同藏族分支人群在线粒体遗传信息方面无明显差异性。上述多类别遗传信息的分析结果为深入了解藏族不同分支人群的遗传亚结构提供了新视角。

中国汉族人群脸部特征相关SNP位点研究
刘明, 李祎, 杨亚芳, 晏于文, 刘凡, 李彩霞, 曾发明, 赵雯婷
遗传    2020, 42 (7): 680-690.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-355
录用日期: 2020-05-21

摘要382)   HTML15)    PDF (1772KB)(226)   

脸部形态是人类重要的生物特征之一,了解脸部形态特征的遗传基础在群体遗传学、发育生物学和法庭科学中具有重要意义。本研究针对中国汉族成年男性人群1177名个体,在高分辨率三维人脸图像的17个脸部特征点中提取出136组欧几里德距离(Euclidean distance)表型。结合3×低深度测序数据,用线性回归分析了125个已报道的与脸部形态显著相关的SNP位点和136组脸部表型之间的相关性。结果表明,在经过多重校正后,来自10个不同基因区域的12个SNP位点与一个或多个脸部特征显著相关(显著性阈值P<1.35×10 -3),解释了年龄和BMI指数校正后3.89%脸部表型差异。相关SNP位点包括TEX41 rs17479393,PAX3 rs974448、RAB7A/ACAD9 rs2977562、DCHS2 rs9995821、DCHS2 rs2045323、C5orf50 rs6555969、SUPT3H/RUNX2 rs1852985、MSRA rs11782517、EYA1 rs10504499、GSC rs2224309、DICER1 rs7161418和DHX35 rs2206437。本研究结果对揭示中国汉族人群脸部形态的遗传机制和脸部特征的遗传推断提供了参考数据。

小拟南芥MKK基因家族全基因组鉴定及进化和表达分析
李晓翠, 康凯程, 黄先忠, 范永斌, 宋苗苗, 黄韵杰, 丁佳佳
遗传    2020, 42 (4): 403-421.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-388
录用日期: 2020-03-27

摘要354)   HTML20)    PDF (2412KB)(323)   

丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinase, MAPKK或MKK)是丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)级联的重要组成部分,在植物的生长发育和胁迫应答过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中鉴定了MKK基因家族,但在十字花科植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)中MKK基因家族的系统鉴定与分析尚未见报道。为了探索小拟南芥MKK基因家族的进化和功能,本研究通过全基因组分析鉴定了小拟南芥中16个MKK基因,散布于小拟南芥的10条染色体上。基于系统发育分析和多重序列比对,将这些基因分为5个亚族:A亚族(5个)、B亚族(2个)、C亚族(4个)、D亚族(3个)和E亚族(2个)。分子进化和共线性分析表明小拟南芥中存在7对复制基因,分别是ApMKK1-1/1-2ApMKK2-1/2-2ApMKK3-1/3-2ApMKK4-1/4-2ApMKK5-1/5-2ApMKK9-1/9-2ApMKK10-1/10-2,其中ApMKK1-1/1-2在复制事件之后发生了加速进化。结合ApMKKs启动子区的顺式元件分布和ApMKKs在成熟叶片、茎、花和果实以及盐胁迫下的表达模式,结果发现复制基因的表达具有组织特异性和功能多样性。部分复制基因在组织中的表达模式存在差异,但在盐胁迫下的表达模式却基本相同。本研究结果为解析MKK介导的小拟南芥发育过程和非生物胁迫信号转导通路的复杂机制奠定了基础。

利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度
师睿, 张毅, 王雅春, 黄涛, 卢国昌, 岳涛, 卢振西, 黄锡霞, 卫新璞, 冯书堂, 陈军, 乌兰·卡格德尔, 茹先古丽·阿不力孜, 努尔胡马尔·木合塔尔
遗传    2020, 42 (5): 493-505.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-071
录用日期: 2020-05-09

摘要298)   HTML6)    PDF (1274KB)(207)   

新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品种的SNP芯片数据,应用主成分分析和Admixture方法对塔城地区新疆近交牛的群体结构进行分析;通过进一步计算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛的群体遗传学参数以及基因组近交指标评估各群体近交程度;结合新疆近交牛的体型分类和基因组近交指标信息,探讨了个体近交程度与体型表现的关系;最后,基于对新疆近交牛和哈萨克牛高频长纯合片段区域的筛选,鉴定了新疆近交牛基因组特征区域。研究结果显示,新疆近交牛的遗传背景与哈萨克牛基本一致,近交牛基因组纯合程度明显高于其他群体,且基因纯合率越高的近交牛其体型越小,在一定程度上呈现了近交衰退对体型的影响。本研究还鉴定到与新疆近交牛基因组特征区域相关的6个基本生物学通路以及与重要经济性状相关的32个数量基因座(quantitative trait loci, QTL)。本研究结果为新疆近交牛这一特殊遗传资源的育种规划及未来该群体的开发利用提供了科学依据。

tPA/gGH双基因转染山羊乳腺上皮细胞表达分析
宋绍征, 于康英, 张婷, 陆睿, 潘生强, 周鸣鸣, 成勇
遗传    2020, 42 (4): 380-387.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-299
录用日期: 2020-02-27

摘要234)   HTML3)    PDF (692KB)(95)   

人组织纤溶酶原激活剂(tissue-type plasminogen activator, tPA)是一种被广泛应用于临床的溶栓药物。双基因共整合入生物体内能够产生协同作用,从而提高目的基因的表达水平。但是目前,利用gGH基因与tPA基因共整合以期提高tPA表达水平的相关研究较少。为筛选获得tPA高表达的tPA/gGH双基因整合的单克隆转基因山羊乳腺上皮细胞株,本研究以β-casein基因作为调控序列,构建乳腺特异性表达载体PCL25/gGH,并通过电转染将tPAgGH双基因共转染山羊乳腺上皮细胞;通过G418筛选获得抗性细胞株,经PCR检测获得转基因单克隆细胞株;利用催乳素诱导tPA表达,收集48 h后细胞诱导液进行ELISA()和Western blotting检测并分析其tPA表达水平。结果表明,共获得142株抗性单克隆细胞,其中有53株tPA单基因整合细胞株,34株tPA/gGH双基因整合细胞株,双基因整合率达23.9% (34/142)。共检测出29株细胞能够表达tPA,其中单基因表达细胞为12株,表达率为22.6% (12/53);双基因表达细胞为17株,表达率为50.0% (17/34);且单基因细胞表达tPA含量为7.5~52.0 μg/mL,而双基因细胞表达tPA含量为40~360 μg/mL,明显高于单基因表达水平。本研究通过电转染的方式成功获得了tPA/gGH双基因整合的单克隆山羊乳腺上皮细胞株,并证明双基因整合的细胞株表达tPA水平明显提高,为后期制备高表达转基因山羊奠定了基础。

PAI-1过表达促进食管鳞癌细胞的侵袭和迁移
王迪, 杨荔艳, 刘奏, 余竟, 张敏杰, 张钰, 蔡岩, 徐昕, 郝佳洁, 王明荣
遗传    2020, 42 (3): 287-295.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-334
录用日期: 2020-02-27

摘要233)   HTML20)    PDF (996KB)(161)   

食管癌是常见的恶性肿瘤之一。由SERPINE1基因编码的纤溶酶原激活物抑制因子1 (plasminogen activator inhibitor-1, PAI-1)已被报道在多种类型癌症患者的肿瘤组织中存在高表达并参与癌症进展。为探讨PAI-1蛋白在食管鳞癌中的作用及其分子机制,本研究首先利用Western blot实验和酶联免疫吸附实验(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)检测各食管鳞癌细胞系中PAI-1的表达和分泌水平,结果显示,PAI-1高表达的食管鳞癌细胞系分泌至细胞外的PAI-1水平相对较高。进一步选取PAI-1表达及分泌水平均较高的KYSE150和KYSE450细胞系作为研究模型,通过siRNA(小干扰RNA)瞬时转染和Transwell实验证实敲降SERPINE1可显著抑制食管鳞癌KYSE150和KYSE450细胞的侵袭和迁移。同时,构建了慢病毒介导的SERPINE1稳定敲降细胞株KYSE150和KYSE450,将SERPINE1稳定敲降的细胞培养基中外源加入PAI-1蛋白进行 Transwell回复实验,结果表明PAI-1过表达可增强食管鳞癌细胞的侵袭和迁移能力。体内实验结果显示,降低PAI-1表达可显著抑制食管鳞癌细胞的成瘤和肺转移能力。分子水平检测表明PAI-1过表达可激活AKT和ERK信号通路,免疫共沉淀(co-immunoprecipitation, Co-IP)实验结果进一步显示PAI-1可能与膜受体LRP1 (LDL receptor related protein 1)存在相互作用。上述研究结果表明,PAI-1可能通过与LRP1相互作用进而促进食管鳞癌细胞的侵袭和迁移。

SLFN14抗LINE-1分子机制研究
毛洋, 丁寄葳, 陈淑敏, 岑山, 李晓宇
遗传    2020, 42 (7): 669-679.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-081
录用日期: 2020-05-25

摘要221)   HTML2)    PDF (884KB)(93)   

长散在核重复序列1 (long interspersed nuclear element-1, LINE-1)是迄今为止发现的人体基因组中唯一具有自主转座活性的逆转录转座子,其转座常引起宿主基因组不稳定,从而导致包括癌症在内的各种严重基因疾病的发生。宿主因子在宿主抗LINE-1转座中发挥着重要作用。宿主因子SLFN14作为免疫系统重要组成员,具有抗病毒活性。本实验室研究发现SLFN14对于LINE-1的转座具有抑制作用。为进一步探究其具体的作用机制,通过对LINE-1复制周期中的转录、翻译、逆转录、整合环节进行实验分析,证实SLFN14能够通过影响LINE-1 mRNA转录过程及其半衰期,降低LINE-1 mRNA的水平,从而影响LINE-1蛋白及cDNA表达水平,最终导致LINE-1复制受阻。同时,通过对SLFN14活性中心的定位,本研究还发现SLFN14的抗LINE-1活性与其核糖核酸内切酶结构域和核糖体结合结构域密切相关。上述研究结果展示了SLFN14调控LINE-1复制的机制,进一步完善了宿主因子调控网络,为控制因LINE-1复制引起的基因组不稳定提供了新思路。

互花米草NAC转录因子家族的鉴定与表达分析
王涛涛, 杨勇, 魏唯, 林辰涛, 马留银
遗传    2020, 42 (2): 194-211.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-250
录用日期: 2020-02-07

摘要213)   HTML10)    PDF (3469KB)(139)   

互花米草(Spartina alterniflora)作为一种海岸带盐生植物,高度耐盐胁迫,但因为缺少参考基因组,其耐盐的分子机制却尚未见报道。NAC家族蛋白是植物特有的转录因子,调控植物的生长发育和胁迫应答。为了鉴定互花米草NAC蛋白(SaNAC)并探究它们与互花米草生长发育及胁迫响应之间的关系,本研究以互花米草三代全长转录组数据为参考,通过与水稻(Oryza sativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和玉米(Zea mays)NAC蛋白序列进行比对,并结合保守功能域进一步筛选,最终找到62个SaNAC蛋白。从蛋白序列比对、进化、motif预测、同源性比较、亚细胞定位、组织表达以及非生物胁迫下的基因差异表达等方面分别对互花米草NAC家族成员进行分析,结果发现SaNAC蛋白均含有保守的NAM结构域,且在进化上与水稻NAC家族具有一定的相似性;SaNAC家族中的两个蛋白SaNAC9和SaNAC49在细胞核表达;另外,本研究还发现互花米草SaNAC基因表达具有高度组织和胁迫应答差异性。这些结果表明互花米草NAC转录因子家族不仅具有保守的功能域,而且在调控互花米草的生长发育和非生物胁迫响应过程中具有重要的作用。

基于结直肠癌细胞系MIC50相关基因对的基础耐药
评分模型构建
陈湖星, 徐蕾, 李静, 郭政, 敖露
遗传    2020, 42 (6): 577-585.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-336
录用日期: 2020-05-25

摘要209)   HTML3)    PDF (851KB)(181)   

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal cancer, CRC)细胞系为例,通过计算265种药物IC50值之间的相关性系数,以每种CRC 细胞系对上述药物IC50的中值构建可反映基础耐药性水平的评估指标MIC50,并识别出表达值与MIC50显著正相关的基因。然后基于样本内基因表达值的相对大小秩序关系构建临床CRC组织样本的基础耐药评分模型。结果表明:在药物两两间IC50的相关系数中,有99%以上呈显著正相关(FDR < 0.05),证明CRC细胞系存在基础耐药性特征;与MIC50显著相关602个基因,富集到4个与肿瘤耐药密切相关的功能模块。根据5368个MIC50相关基因对,筛选出一个由21个基因对组成的5-FU联合用药评分模型,卡方检验结果表明患者基础耐药性水平的高低与用药后的响应信息显著相关,生存分析显示低分组患者比高分组患者预后更好。本研究结果为CRC联合化疗耐药机制的研究及临床个体化用药提供了一定的理论依据。

DNA甲基化驱动的转录表达特征作为肝癌预后预测标志物的价值
骆红波, 曹鹏博, 周钢桥
遗传    2020, 42 (8): 775-787.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-139
录用日期: 2020-07-10

摘要209)   HTML10)    PDF (1991KB)(210)   

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是最常见的恶性肿瘤之一。DNA甲基化的异常是恶性肿瘤的特征之一,并被发现在肝癌等肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为了能为肝癌患者提供新的临床预后预测标志物,本研究首先采用整合组学分析策略在全基因组范围内鉴定与肝癌患者预后相关的DNA甲基化驱动的差异表达基因;然后,采用LASSO (least absolute shrinkage and selection operator)分析建立了10个最优基因组合的预后预测模型。Cox比例风险回归分析显示,在校正临床特征参数后,此预测模型高风险评分与患者不良预后显著相关,表明该模型具有潜在的独立预后价值。受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线分析显示该风险评分模型在预测患者短期和长期预后方面优于其他已被报道的肝癌预后预测模型。基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)表明,高风险评分与细胞周期和DNA损伤修复通路相关。以上结果表明,本研究构建了一个基于10个DNA甲基化驱动基因的预后风险评分模型,该模型可作为肝癌患者的潜在预后生物标志物,有助于肝癌患者的生存预后评估和治疗策略的指导。

利用Trim-Away技术降低人胰岛淀粉样多肽在大鼠胰岛素瘤细胞中的毒性
龚葭薇, 孔德麟, 杨琳, 聂玉哲, 梁洋, 滕春波
遗传    2020, 42 (6): 586-598.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-061
录用日期: 2020-06-15

摘要201)   HTML6)    PDF (2419KB)(127)   

人胰岛淀粉样多肽(human islet amyloid polypeptide, hIAPP)又称胰淀素(Amylin),是胰岛β细胞中胰岛素的共分泌蛋白,与胰岛素共同包裹在囊泡中被分泌出细胞。正常生理条件下,hIAPP有助于胰岛素分泌并调节机体血糖平衡;但其蛋白错误折叠或过量积累则会对细胞造成毒性,进而影响β细胞功能,导致机体罹患2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)。为了清除细胞内过度积累的hIAPP,且不影响其正常的合成功能,本研究选用一种新的蛋白质降解技术——Trim-Away,该技术可以在短时间内降解目标蛋白质,且不会对靶蛋白的mRNA转录、翻译等功能产生影响。首先在大鼠(Rattus norvegicus)胰岛素瘤细胞(insulinoma cells, INS1)中过表达hIAPP模拟其过度累积的情况,并通过乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase, LDH)的释放、CCK8 (cell counting kit-8)的活性以及PI-Annexin V流式检测的阳性比例变化,证明hIAPP的过度积累造成β细胞的凋亡;通过实时定量PCR及ELISA检测发现胰岛素的合成和分泌都受到了阻碍;最后利用Trim-Away技术在hIAPP过表达的INS1细胞中特异性清除了过度积累的hIAPP蛋白。细胞活性实验证实清除hIAPP蛋白可以减少细胞的死亡,ELISA实验证实INS1细胞恢复了胰岛素的分泌能力。本研究验证了hIAPP过度积累对INS1细胞的毒性作用,并且证明Trim-Away技术在清除胰腺β细胞中hIAPP毒性具有效果,为利用Trim-Away治疗糖尿病提供了新的策略。

家兔前体脂肪细胞分化不同时期基因表达谱分析
杜坤, 毛初阳, 任安勇, 吴雪梅, 李庆玲, 陈婷婷, 陈仕毅, 赖松家
遗传    2020, 42 (3): 309-320.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-265
录用日期: 2020-01-13

摘要198)   HTML9)    PDF (2115KB)(139)   

脂肪的过度积累严重危害人类健康。前体脂肪细胞分化是脂肪发育的关键过程,研究前体脂肪细胞分化相关基因的表达有助于认识脂肪沉积的机理。尽管家兔是一种理想的研究脂肪发育的动物模型,但是针对其前体脂肪细胞分化不同时期基因表达谱的研究鲜见报道。本研究通过诱导家兔前体脂肪细胞分化,在分化第0 d、3 d和9 d收集脂肪细胞,利用转录组测序(RNA-seq),在分化第3 d样本与第0 d样本的比较中筛选出1352个差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),在分化第9 d样本与第3 d样本的比较中筛选出888个DEGs。GO (gene ontology)功能富集和KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析发现,0~3 d分化期上调的DEGs显著富集在PPAR信号通路和PI3K-Akt信号通路上,3~9 d分化期上调的DEGs显著富集到与细胞周期调控有关的GO条目和KEGG信号通路,0~3 d和3~9 d阶段特异上调的DEGs可能分别作用于细胞质和细胞核。通过DEGs的蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络分析发现,筛选出的核心节点(hub node)基因可能通过调控细胞周期而影响家兔前体脂肪细胞分化。

74-plex SNPs复合检测体系在中国人群中的族群推断研究
刘杨, 孙昌春, 马咪, 王玲, 赵雯婷, 马泉, 季安全, 刘京, 李彩霞
遗传    2020, 42 (3): 296-308.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-252
录用日期: 2020-01-17

摘要195)   HTML5)    PDF (1784KB)(197)   

使用一组祖源SNP可以分析某人群的遗传成分,推断某个体的族群来源。本课题组前期筛选出74个SNP位点实现了撒哈拉以南的非洲、北非、欧洲、美洲、大洋洲、南亚、西南亚、东亚、东北亚和东南亚等10个地理区域人群的推断,并基于MassARRAY质谱分析技术构建了74-plex SNPs复合检测体系。本研究利用该体系对14个中国人群1371份样本进行基因分型,验证评估该体系对中国人群的区分能力和法医学应用效能。首先,基于全球57个人群3628份个体构建参考人群分型库,采用Structure分析和等位基因频率热图等方法进行人群区分能力评估;然后,选取千人基因组计划中3个人群(不包含在参考人群分型库中)及本实验室检测的14个人群共计1654个体作为测试数据集,通过似然比和族群成分等统计分析,评估该体系对实际样本的族群来源推断能力。结果表明,DNA的量最低为1.5 ng时,74个SNP均可正确判型,适用于微量检材的检测;该体系对全球10个地理区域人群有区分能力,针对测试人群中欧洲、美洲、南部非洲个体族群来源推断的准确率为95.4%、不排除率为1.06%,东亚个体推断的准确率为71.0%、不排除率为17.9%,东南亚个体推断的准确率66.4%、不排除率为 33.3%。该方法可以为实际案件侦察提供线索。

基于序列相似性和Z曲线方法重注释原核生物蛋白编码基因
刘硕, 曾志, 曾凡才, 杜萌泽
遗传    2020, 42 (7): 691-702.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-022
录用日期: 2020-05-28

摘要187)   HTML5)    PDF (3018KB)(126)   

随着测序技术的不断发展,产生了海量的基因组测序数据,极大地丰富了公共遗传数据资源。同时为了应对大量基因组数据的产生,基因组比较和注释算法、工具不断更新,使得联合多种注释工具得到更准确的蛋白编码基因的注释信息成为可能。目前公共数据库的原核生物基因组测序和装配有些是10多年前的,存在大量预测的功能未知的编码基因。为了提升美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)数据库中基因组的注释质量,本研究联合使用多种原核基因识别算法/软件和基因表达数据重注释1587个细菌和古细菌基因组。首先,利用Z曲线的33个变量从177个基因组原注释中识别获得3092个被过度注释为蛋白编码基因的序列;其次,通过同源比对为939个基因组中的4447个功能未知的蛋白编码基因注释上具体功能;最后,通过联合采用ZCURVE 3.0和Glimmer 3.02以及Prodigal这3种高精度的、广泛使用且基于算法不同而互补的基因识别软件来寻找漏注释基因。最终,从9个基因组中找到了2003个被漏注释的蛋白编码基因,这些基因属于多个蛋白质直系同源簇(clusters of orthologous groups of proteins, COG)。本研究使用新的工具并结合多组学数据重新注释早期测序的细菌和古细菌基因组,不仅为新测序菌株提供注释方法参考,而且这些重注释后得到的细菌基因序列也会对后续基础研究有所帮助。

乏情和发情初产母猪下丘脑-垂体-卵巢轴中lincRNAs表达谱比较分析
任巧玲, 张家庆, 陆东锋, 王璟, 陈俊峰, 马强, 白献晓, 郭红霞, 高彬文, 邢宝松
遗传    2020, 42 (4): 388-402.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-347
录用日期: 2020-03-26

摘要185)   HTML7)    PDF (1805KB)(95)   

初产母猪断奶后能否正常发情对养猪生产影响重大,也是初产母猪被淘汰的主要原因。本研究以乏情和发情初产母猪为研究对象,首次利用RNA-seq技术对其下丘脑-垂体-卵巢轴中的基因间长链非编码RNAs(long intergenic noncoding RNAs, lincRNAs)进行筛选比较,得到lincRNAs的表达图谱,并对其特征和功能进行了初步分析。结果显示,在乏情和发情初产母猪下丘脑-垂体-卵巢轴中鉴定得到3519个lincRNAs,以发情组为对照共有17个lincRNAs存在差异表达,其中12个表达上调,5个表达下调(FC≥2, P<0.05)。选择4个差异表达的lincRNAs经qRT-PCR验证,其表达水平与测序结果基本一致。对这17个差异表达的lincRNAs进行GO分析、KEGG通路分析及lincRNA-mRNA共表达网络分析,发现这些lincRNAs主要与猪卵母细胞减数分裂成熟、卵巢细胞分化及颗粒细胞凋亡等生殖活动相关。本研究结果丰富了猪lincRNAs数据资源,为进一步深入研究初产母猪的生殖机能提供了理论依据。

端粒长度与2型糖尿病:孟德尔随机化研究与多基因风险评分分析
曹岚, 李志强, 师咏勇, 刘赟
遗传    2020, 42 (9): 882-888.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-077
录用日期: 2020-08-28

摘要183)   HTML6)    PDF (491KB)(85)   

多项观察性研究表明,端粒长度缩短与2型糖尿病(type 2 diabetes, T2D)之间存在关联。然而,传统观察性研究结果常受到混杂因素和反向因果关联的影响,端粒长度与T2D是否存在因果关联尚不明确。本研究在中国汉族人群中利用孟德尔随机化(Mendelian randomization, MR)和多基因风险评分(polygenic risk score, PRS)方法探索端粒长度与T2D的因果关系。MR研究选取8个与端粒长度相关的独立遗传变异作为工具变量,利用2632例中国汉族人群T2D全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,检验遗传预测的端粒长度与T2D的关系。利用中国汉族人群GWAS数据,采用PRS分析评价端粒长度PRS与T2D的关系。MR研究共纳入1318例T2D患者和1314例正常对照,逆方差加权、MR-Egger回归、简单中位数和加权中位数法估计的OR值分别为0.78 (95% CI: 0.36~1.68, P = 0.522)、0.23 (95% CI: 0.01~7.64, P = 0.412)、0.60 (95% CI: 0.28~ 1.28, P = 0.185)和0.64 (95% CI: 0.31~1.33, P = 0.233),遗传预测的较长端粒长度与T2D之间不存在关联。PRS分析未发现端粒长度PRS与T2D显著关联的一致结果。本研究采用MR和PRS方法未发现端粒长度与T2D具有因果关联,后续研究中增大样本量有助于得出更可靠的结论。

中国人群中抗结核药物引发肝损伤的易感基因标记研究
周晨希, 李沫, 怀聪, 贺林, 秦胜营
遗传    2020, 42 (4): 374-379.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-271
录用日期: 2020-02-26

摘要172)   HTML0)    PDF (473KB)(96)   

为系统性研究中国人群中抗结核药物引发肝损伤的易感基因标记,本研究以41例抗结核药物引发肝损伤的病人和39例健康对照为研究对象,采用Haloplex捕获测序的方法对其基因组中药物代谢、转运和免疫相关通路的109个基因进行靶向测序。用Plink软件对DNA突变位点与肝损伤的发生进行关联分析,以千人基因组计划东亚人群作为对照组,对显著性位点进行验证,并用SIFT和Polyphen2软件对预测显著关联的位点进行功能预测。结果发现UGT1A4 rs2011404 (χ 2 = 4.6809, P =0.0305)是抗结核药物引发的肝损伤的易感基因标记,且rs2011404突变可能引起UGT1A4蛋白的功能障碍。本研究为临床上对抗结核药物的合理用药提供了有益的参考。

2型糖尿病易感基因SNP位点对生活方式干预降低血糖应答效果的修饰效应
王玉琢, 张一鸣, 董晓莲, 王学才, 朱建福, 王娜, 江峰, 陈跃, 姜庆五, 付朝伟
遗传    2020, 42 (5): 483-492.   DOI: 10.16288/j.yczz.19-304
录用日期: 2020-03-01

摘要168)   HTML2)    PDF (515KB)(135)   

近年来的研究发现,一些2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)易感基因位点不仅与T2DM的发病风险有关,还会影响生活方式干预效果。为进一步探究T2DM易感基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点对生活方式干预降低高危人群血糖应答效果的修饰作用,本课题组在德清农村社区开展了生活方式干预试验(2017年6月~12月,对干预组的研究对象进行强化生活方式干预,对照组仅接受常规健康知识宣教),并对研究对象进行SNP基因分型。研究发现,对于rs9502570,干预组中的CC+CT基因型人群的空腹血糖降低值显著高于TT基因型(P=0.031);干预组中CC+CT基因型人群的糖化血红蛋白值降低值为0.03%,TT基因型人群的糖化血红蛋白值升高了0.27% (P=0.012);CC+CT和TT基因型干预组和对照组的空腹血糖和糖化血红蛋白前后差值差之间也有统计学差异(均为P<0.001)。对于rs10811661,干预组中TT基因型人群的空腹血糖降低值显著高于CC+CT基因型(P=0.021);TT和CC+CT基因型干预组和对照组的空腹血糖前后差值差之间亦有统计学差异(P<0.001)。上述研究结果表明,rs9502570、rs10811661两个位点会在一定程度上修饰高危人群对T2DM生活方式干预降低血糖的应答效果,为今后进一步研制糖尿病高危人群个体化干预措施提供了客观依据。

猪耳成纤维细胞转录组异质性及对核移植胚胎发育的潜在影响
周俊, 赵成成, 吴霄, 石俊松, 周荣, 吴珍芳, 李紫聪
遗传    2020, 42 (9): 898-915.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-190
录用日期: 2020-08-31

摘要153)   HTML8)    PDF (1479KB)(141)   

同一来源的供体细胞之间存在异质性。许多研究已经表明体细胞核移植(somatic cell nuclear transfer, SCNT)效率与供体细胞有关。然而,鲜有在单细胞水平分析供体细胞异质性对核移植效率的潜在影响。本研究利用单细胞转录组测序技术对同一来源且随机挑选的52个猪耳组织成纤维细胞进行测序分析。结果表明有48个单细胞的基因表达模式相似,4个单细胞(编号为D11_1、D12_1、DW61_2和DW99_2)的基因表达模式与其他单细胞存在较大的差异,并且不存在基因表达模式完全相同的两个单细胞。以基因表达模式相似的48个单细胞作为对照,进一步分析了单细胞D11_1、D12_1、DW61_2和DW99_2的差异基因表达模式:首先利用R语言筛选4个单细胞的差异表达基因,并对前50差异表达基因进行汇总;然后对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。富集分析发现差异表达基因的主要分子功能包括能量代谢、蛋白质代谢和细胞对刺激的反应等;主要通路包括KEGG中富集的与细胞周期、细胞代谢、DNA复制相关的通路。根据以上研究结果并结合SCNT研究进展讨论了4个单细胞的差异基因表达模式对核移植胚胎发育效率的潜在影响。本研究揭示了猪耳组织成纤维细胞的转录组异质性,并提供了分析精英供体细胞的一种有效方法,为提高克隆效率带来新的思路。

钾离子通道蛋白Shaker对果蝇心脏衰老的保护作用
刘学文, 吴红梅, 白瑛, 曾群, 曹泽民, 吴秀山, 唐旻
遗传    2021, 43 (1): 94-99.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-253
录用日期: 2020-12-25

摘要147)   HTML3)    PDF (606KB)(105)   

钾离子通道在心肌细胞动作电位复极过程中起着重要作用。钾离子通道蛋白种类繁多,已知钾离子通道蛋白KCNQ和HERG/eag参与心脏动作电位的形成,调节心脏收缩节律。钾离子通道蛋白Shaker是果蝇(Drosophila)体内发现的第一个电压门控钾离子通道,维持神经元和肌肉细胞的电兴奋性,但是目前其在成人心脏功能中的作用仍不清楚。本研究以果蝇为模型,高频电刺激模拟心脏应激状态,观察钾离子通道蛋白shaker基因突变体的心衰发生率。同时,利用心脏特异性启动子hand4.2 Gal4特异性敲低钾离子通道蛋白Shaker的表达;果蝇成体心脏生理学功能分析系统分析了1、3、5周龄特异性敲低钾离子通道蛋白Shaker的心脏表型。结果表明,shaker基因突变将严重影响果蝇心脏抗应激能力,表现在高频电刺激后的心力衰竭发生率显著性升高;心脏特异性敲低shaker基因导致5周龄果蝇心律失常发生率显著性增加;心脏特异性敲低HDAC3将显著降低果蝇寿命。综上所述,本研究推测钾离子通道蛋白Shaker在衰老过程中维护果蝇正常的心脏功能。

RFX5调控原钙粘蛋白α基因簇的表达
王娜, 甲芝莲, 吴强
遗传    2020, 42 (8): 760-774.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-184
录用日期: 2020-07-29

摘要144)   HTML8)    PDF (1566KB)(59)   

基因的表达调控与基因组在细胞核内的三维空间架构相辅相成,原钙粘蛋白(protocadherin, Pcdh)基因簇在大脑发育中起到关键作用,可以作为研究基因表达调控机制的模式基因。转录因子RFX5 (regulatory factor x 5)是翼螺旋家族(winged HLH family)的成员,其蛋白由寡聚化结构域、DNA结合域、螺旋结构域和激活域组成,在调控免疫系统的主要组织相容性复合物II类(major histocompatibility complex class II, MHC II)的表达中起着至关重要的作用。本研究发现RFX5与CTCF在全基因组上结合的位点有部分重叠,利用CRISPR/Cas9 DNA大片段编辑技术,构建了RFX5基因缺失的HEC-1-B细胞系。通过RNA-seq实验,发现RFX5敲除能够显著升高Pcdhα6Pcdhα12Pcdhαc2的表达水平。通过ChIP-nexus实验,发现敲除RFX5导致染色质架构蛋白CTCF和cohesin在原钙粘蛋白α基因簇处的结合增加。最后,染色质构象捕获QHR-4C实验发现Pcdhα6Pcdhα12启动子与远端增强子HS5-1的染色质远距离相互作用增强。上述研究表明RFX5蛋白可能通过调控染色质高级结构影响原钙粘蛋白α基因簇的表达,为未来进一步探索RFX5的功能提供了参考。

纳米银颗粒及纳米二氧化钛颗粒的体外遗传毒性研究
朱海美, 黄鹏程, 赵田田, 周长慧, 李若婉, 于春荣, 陈志勇, 顾林峰, 常艳
遗传    2020, 42 (12): 1192-1200.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-161
录用日期: 2020-11-09

摘要143)   HTML3)    PDF (753KB)(41)   

纳米物质以其独特的物理性质广泛用于化妆品、医药和食品工业,但它们的安全性和遗传毒性仍然存在争议。本研究拟采用基于人成淋巴TK6细胞的体外彗星实验整合体外PIG-A基因突变实验对纳米银颗粒(AgNPs)和纳米二氧化钛颗粒(TiO2NPs)的致DNA断裂作用和致突变性进行初步研究。本研究探究了最高至200 μmol/L浓度时,TK6细胞暴露于两种纳米物质4 h时的彗星实验和经过暴露24 h以及10 d基因突变表达期后的PIG-A基因突变结果。同时,本研究还检测了TK6细胞暴露于纳米颗粒4 h及24 h对纳米物质的摄取能力。在纳米物质摄取实验中,随着纳米物质浓度的升高,TK6细胞在流式细胞仪检测图中的侧向散射角(side scatter, SSC)呈现浓度与时间依赖性升高,表明TK6细胞可摄取两种纳米颗粒。在4 h彗星实验中,AgNPs可导致彗星尾DNA荧光%强度呈现浓度依赖性显著升高,为阳性结果。而TiO2NPs则不能诱导彗星尾DNA荧光%强度呈现浓度依赖性显著升高,但最高浓度组尾DNA荧光%超过本实验室阴性历史对照数据,为可疑结果。而在体外PIG-A基因突变实验结果中,AgNPs和TiO2NPs均不能诱导TK6细胞的PIG-A基因突变率出现阳性升高。AgNPs可导致TK6细胞出现DNA损伤,但不能诱导PIG-A基因突变率升高。TiO2NPs既不能诱导TK6细胞出现DNA损伤,也不能诱导PIG-A基因突变率升高,TiO2NPs的遗传毒性有待进一步验证。

骨质疏松易感SNP rs4325274通过增强子远程调控SOX6基因的功能机制研究
妥晓梅, 朱东丽, 陈晓峰, 荣誉, 郭燕, 杨铁林
遗传    2020, 42 (9): 889-897.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-098
录用日期: 2020-09-07

摘要139)   HTML11)    PDF (715KB)(86)   

骨质疏松症是一种典型的多基因复杂疾病,遗传力高达85%,其发病率已跃居常见疾病的第5位。尽管已经鉴定出大量骨质疏松易感SNP,但大多数SNP位点位于基因组非编码区,且功能机制未知。本研究旨在通过生物信息学分析和功能实验探究骨质疏松非编码功能性易感SNP rs4325274的分子调控机制。首先,通过表观注释发现该SNP所在区域处在增强子上,eQTL和Hi-C分析结果发现SNP调控的潜在靶基因是SOX6;然后,利用多种数据库进行Motif预测,并结合GEO数据库中的ChIP-seq数据分析进行了验证,结果发现转录因子HNF1A更倾向于结合SNP rs4325274-G碱基;进一步通过双荧光素酶报告基因实验验证了该SNP对SOX6基因表达的增强作用;最后,利用shRNA敲低转录因子HNF1A实验,检测靶基因SOX6的表达变化。以上研究结果初步解析了非编码区功能性SNPrs4325274作为增强子远程调控SOX6基因表达的分子机制,为复杂疾病非编码易感SNP的遗传调控研究提供新思路。

大豆E2泛素结合酶基因GmUBC1的克隆及在拟南芥中的异源表达
毛卓卓, 宫宇, 史贵霞, 李亚丽, 喻德跃, 黄方
遗传    2020, 42 (8): 788-798.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-141
录用日期: 2020-08-07

摘要128)   HTML3)    PDF (1046KB)(57)   

E2泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme)参与植物的抗逆、生长发育等多种生物途径的调控,其功能研究在拟南芥(Arabidopsis thaliana)中的报道较多,但在重要经济作物大豆(Glycine max)中鲜有报道。本研究从大豆“南农94-16”中克隆了1个与大豆子叶折叠突变体可能相关的基因Glyma.12G161200,序列分析结果表明该基因编码一个E2泛素结合酶,因此将其命名为GmUBC1。该基因编码区全长为462 bp,编码一个含153个氨基酸的蛋白,预测其分子量为17.25 kDa,等电点为6.74。利用qRT-PCR技术对GmUBC1在大豆不同组织中的表达模式及其对不同非生物胁迫和激素处理的响应模式进行分析,发现该基因在开花后40 d种子中表达量最高,在PEG、低温、JA和ABA处理下表达下调。亚细胞定位分析发现GmUBC1蛋白在整个细胞内都有表达。进一步在拟南芥中异源表达GmUBC1,发现转基因株系的千粒重和总氨基酸含量显著提高,表明异源过表达GmUBC1可以调控种子重量和氨基酸含量,为大豆品质改良提供了基因资源。

细胞凋亡反应中NOXA基因启动子发挥增强子功能调节BCL2基因表达
秦中勇, 石晓, 曹平平, 褚鹰, 管蔚, 杨楠, 程禾, 孙玉洁
遗传    2020, 42 (11): 1110-1121.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-213
录用日期: 2020-11-06

摘要115)   HTML4)    PDF (1302KB)(71)   

真核生物基因的转录受到近端启动子和远端增强子的共同调控,部分基因的启动子可兼具有增强子的活性。NOXABCL2分别是BCL2蛋白家族促凋亡和抗凋亡成员。本课题组前期研究发现,NOXA基因启动子与BCL2基因启动子在染色质三维空间结构上存在相互作用,且NOXA基因启动子区兼有启动子和增强子特征性的组蛋白修饰标记。为进一步探究NOXA启动子是否具有增强子活性、能否在细胞凋亡过程中作为增强子调控BCL2基因表达,本研究利用染色质构象捕获(chromosome conformation capture, 3C)、实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)和荧光素酶报告基因等检测技术在喜树碱诱导的MCF-7细胞凋亡模型中证实,NOXA启动子兼具增强子活性,并可通过形成染色质环结构远程调控BCL2基因表达。NOXA启动子的调控属性与凋亡信号强弱密切相关,在较弱凋亡信号刺激下(1 μmol/L喜树碱处理),NOXA启动子主要发挥增强子功能;随着凋亡刺激信号的加强(10 μmol/L喜树碱处理),NOXA启动子活性增强,主要调控其基因自身的表达,促进细胞凋亡。染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation, ChIP)证实NOXA启动子区启动子活性和增强子活性的动态变化与其组蛋白修饰标志一致。本研究为进一步探讨BCL2家族成员对细胞凋亡刺激做出协同反应的机制提供了新的线索。

利用CRISPR/Cas9 AAV系统构建纹状体Slc20a2基因敲除小鼠模型
林珉婷, 赖璐璐, 赵淼, 林必玮, 姚香平
遗传    2020, 42 (10): 1017-1027.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-138
录用日期: 2020-10-12

摘要113)   HTML7)    PDF (1058KB)(158)   

原发性家族性脑钙化症(primary familial brain calcification, PFBC)是慢性进展性的神经系统遗传病,临床症状主要包括运动障碍、认知障碍及精神障碍等,其致病机制尚未完全明确。研究表明SLC20A2是该病最主要的致病基因。由于Slc20a2基因全身性敲除小鼠模型会导致胎儿生长受限,为更好地研究PFBC发病机制,本研究应用CRISPR/Cas9技术构建了纹状体Slc20a2基因条件性敲除小鼠模型。首先,针对Slc20a2基因编码区,设计3条靶向exon3的sgRNA (single guide RNA),通过构建质粒、转染细胞、Surveyor assay等实验验证sgRNA的活性。其次,选取活性较高的sgRNA重组包装AAV-Cre病毒,应用立体定位将AAV病毒定点注射于小鼠纹状体。体外实验结果表明设计的3条sgRNA均能够有效地介导Cas9切割靶DNA。细胞免疫荧光实验结果证实AAV-Cre病毒具有Cre重组酶活性。最后,通过小鼠脑部组织免疫组化、TA-克隆、高通量测序及Western blot方法检测Slc20a2基因敲除效率,发现实验组小鼠纹状体组织Slc20a2表达明显降低。本研究成功设计了3条能够敲除Slc20a2的功能sgRNA,并应用CRISPR/Cas9技术成功构建了纹状体Slc20a2基因条件性敲除小鼠,为研究PFBC的发病机制提供了有效的动物模型。

脊髓性肌萎缩症SMN1基因2+0基因型携带者的家系研究
曹延延 程苗苗 瞿宇晋 白晋丽 金煜炜 王红 宋昉
遗传    DOI: 10.16288/j.yczz.20-319
录用日期: 2020-12-24

RNA结合蛋白Roquin负调控STING依赖的果蝇天然免疫反应
杜倍倍, 刘磊, 朱洋洋
遗传    2020, 42 (12): 1201-1210.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-196
录用日期: 2020-12-02

摘要82)   HTML2)    PDF (717KB)(63)   

果蝇(Drosophila melanogaster)利用天然免疫反应来抵御外源病原菌的入侵,其分子调控机理在进化上非常保守,深入探究果蝇天然免疫调控机制对于人类天然免疫及相关疾病研究具有重要意义。为了发掘参与调控果蝇STING信号依赖的天然免疫反应的新因子,本研究采用双链RNA介导的基因表达沉默技术和双荧光素酶报告系统,在体外S2细胞中对echinus (CG2904)、usp16 (CG4165)、smurf (CG4943)、pellino (CG5212)、usp47 (CG5486)、diap2 (CG8293)、dtraf2 (CG10961)、roquin (CG16807)和usp10 (CG32479)共9个编码泛素连接酶的基因进行双链RNA敲低实验,结果显示CG16807 (roquin)与STING天然免疫信号水平呈现负相关。进一步通过过量表达的方法在S2细胞中过表达roquin能显著抑制STING天然免疫信号。同时,通过李斯特菌感染实验表明,敲低roquin显著提高果蝇感染后抗菌肽的表达,并抑制病原菌的增殖,从而提高果蝇感染后的存活率。本研究证明RNA结合蛋白Roquin是STING依赖的果蝇天然免疫反应的负调控因子,由于果蝇基因和人类基因存在高度相关性,因此本研究为进一步开发人类STING相关的天然免疫疾病治疗方法提供了理论基础。

CG8005基因在果蝇睾丸生殖细胞中的功能分析
陈万银, 颜一丹, 栾晓瑾, 王敏, 方杰
遗传    2020, 42 (11): 1122-1132.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-163
录用日期: 2020-11-03

摘要78)   HTML0)    PDF (1421KB)(36)   

生殖细胞的自我更新及分化过程对于男性不育及生殖细胞肿瘤的发生至关重要,CG8005基因作为果蝇(Drosophila melanogaster)睾丸生殖干细胞的调控因子之一,其功能机制尚不清楚。为了探讨CG8005基因在果蝇睾丸生殖细胞中的生物学功能,本研究首先通过UAS-gal4系统介导的RNAi途径,驱动果蝇睾丸生殖细胞和包囊细胞中UAS-CG8005 RNAi的表达,观察后代雄性果蝇的生育能力;其次,通过免疫荧光染色方法检测对照组和CG8005 RNAi雄性果蝇睾丸中Vasa、IBI、锌指结构域1蛋白(Zn finger homeodomain 1, Zfh1)、眼缺陷蛋白(eyes absent, Eya)、DE-cad、FasIII以及磷酸化组蛋白H3 (phospho-histone H3, PH3)、TUNEL等表达模式;最后,使用小干扰RNA (siRNA)在果蝇 S2 细胞中将 CG8005基因表达沉默,用PH3检测对照组和CG8005 siRNA组中果蝇S2细胞增殖能力,TUNEL及流式凋亡检测技术分析果蝇S2细胞凋亡情况;通过荧光定量PCR检测剪接体亚基的mRNA水平,观察剪接体的相对表达量。结果表明,与对照组果蝇比较,在生殖细胞和包囊细胞中缺失CG8005基因,雄性果蝇的生育能力降低甚至完全丧失;另外,nos-gal4驱动UAS-CG8005 RNAi的雄性果蝇中生殖细胞及生殖融合体消失,并且生殖细胞增殖能力减弱,而tj-gal4驱动UAS-CG8005 RNAi的果蝇睾丸中出现生殖细胞样肿瘤;在果蝇S2细胞中敲减CG8005基因导致细胞凋亡增加,增殖受到抑制;CG8005基因在果蝇S2细胞中沉默引起剪接体亚基的信使RNA水平升高。可见,CG8005基因在果蝇睾丸生殖细胞的自我更新与分化过程中必不可少,其缺失可能导致生殖细胞存活受限甚至生殖细胞样肿瘤的形成;并且CG8005基因可参与果蝇S2细胞的增殖和凋亡,对于细胞生命的维持至关重要,同时可竞争性调节剪接体亚基的mRNA水平。

早期停育胚胎的滋养层细胞相关基因与特征分析
张悦, 冯颖, 马芳
遗传    2020, 42 (10): 1004-1016.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-144
录用日期: 2020-10-15

摘要68)   HTML7)    PDF (1318KB)(58)   

滋养层细胞对维持正常胚胎植入、生长发育有重要作用。研究停育胚胎的滋养层细胞的基因表达差异有助于了解胚胎发育停止或不良妊娠结局的发生发展机制。本研究通过对26例正常妊娠、胚胎停育妇女的绒毛组织进行全转录组测序和初步生物信息学分析,发现胚胎停育组存在436个差异基因,其中406个mRNA为显著上调基因,32个mRNA为显著下调基因。基因富集分析显示这些基因显著富集于免疫相关功能、细胞间黏附等方面,如淋巴细胞激活、髓系细胞激活、细胞外基质及胶原连接等,其潜在调控通路富集到补体及凝血级联反应和细胞外基质降解等条目。此外,本研究利用WGCNA共表达分析得到和差异基因存在共表达关系的lncRNA。根据模块功能不同,绘制了两个网络图,可得4个关键基因,分别为VSIG4、C1QC、CD36SPP1。本研究得到的这些差异基因可作为对胚胎停育具有潜在影响的关键分子,所富集到的条目可为深入了解胚胎发育停止或不良妊娠结局的病因及机制提供理论依据及方向。

Uhrf1对肠上皮发育的影响
王芯悦, 李亮, 段秋慧, 李大力, 陈金联
遗传    2021, 43 (1): 84-93.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-337
录用日期: 2021-01-04

摘要35)   HTML1)    PDF (910KB)(21)   

作为一种常见的表观遗传修饰类型,DNA甲基化对哺乳动物发育起着重要作用。Uhrf1作为重要的表观遗传调控因子,在DNA合成过程中可结合半甲基化的DNA同时招募DNA甲基转移酶1参与DNA甲基化的维持,保证遗传信息在细胞分裂前后的稳定传递。目前关于Uhrf1介导的DNA甲基化是否影响肠上皮发育过程尚不清楚。为探索Uhrf1在肠上皮发育中的作用,本研究成功构建了肠上皮特异性敲除Uhrf1的小鼠模型,利用HE染色对肠上皮组织形态学观察发现,与正常小鼠相比,敲除Uhrf1的小鼠肠上皮发育异常,主要表现为绒毛变短,数量减少,隐窝萎缩;通过表型分析发现,在小鼠肠上皮中特异性敲除Uhrf1后,细胞增殖明显受到抑制、凋亡细胞增加、细胞分化异常,同时肠干细胞相关基因表达降低。进一步对可能的分子机制进行初步探索发现Uhrf1缺失后 DNA甲基化水平大幅下降,诱发DNA损伤。本研究结果表明Uhrf1介导的DNA甲基化对肠上皮的正常发育成熟具有重要作用,有望丰富Uhrf1介导的DNA甲基化在体内的生物学功能,并为进一步明确Uhrf1介导的表观遗传调控机制提供实验依据。

基于单细胞ATAC测序技术对18-三体综合征染色质开放性区域转录因子的分析
邱晓芬, 汤冬娥, 虞海燕, 廖秋燕, 胡芷洋, 周俊, 赵鑫, 何慧燕, 梁灼健, 许承明, 杨明, 戴勇
遗传    2021, 43 (1): 74-83.   DOI: 10.16288/j.yczz.20-283
录用日期: 2021-01-04

摘要33)   HTML0)    PDF (1429KB)(16)   

18-三体综合征是常见的常染色体非整倍体疾病之一,长期以来人们对18-三体综合征疾病的临床表型(如智力障碍、心脏、肾脏异常等)发生及发展相关的基因调控知之甚少。为探索影响该疾病表型的调控因子,本研究利用单细胞ATAC测序技术,对18-三体综合征和对照组的脐带血单个核细胞的开放性染色质区域的转录因子进行分析。捕获11,611个细胞构建的单细胞文库鉴定得到7种主要免疫细胞群,细胞数量统计的结果提示18-三体综合征的免疫系统异常。通过分析开放性染色质区域,筛选得到14个转录因子(P<0.05,|FC|>1.2)。采用实时荧光定量PCR验证其中4个转录因子(TEAD1、TEAD2、TEAD4、Twist2)的相对表达量的结果符合预期。上述研究结果表明这4个转录因子可能与18-三体综合征患者心脏和骨骼发育的异常相关,为18-三体综合征表型的发生及发展的机制研究提供候选分子。

不同基因型毛白杨同源重组变异研究
耿喜宁 芦特 杜康 杨珺 康向阳
遗传    DOI: 10.16288/j.yczz.20-205
录用日期: 2021-01-22

炎性肠病易感基因GPR35在肠炎发生发展中的功能研究
郑燕森 卓林刚 李大力 刘明耀
遗传    DOI: 10.16288/j.yczz.20-392
录用日期: 2021-01-27

酸铝胁迫土壤中耐铝大豆根际不同部位细菌群落结构、功能及其对促生菌富集作用的研究【江苏省遗传学会专刊】
文钟灵 杨旻恺 陈星宇 郝晨宇 任然 褚淑娟 韩洪苇 林红燕 陆桂华 戚金亮 杨永华
遗传    DOI: 10.16288/j.yczz.20-409
录用日期: 2021-01-27