3′非翻译区(3′ untranslated regions，3′UTR)是真核生物mRNA的组成部分之一，位于其3′最末端。3′UTR在真核生物基因表达的转录后调控中发挥重要作用，目前已知3′UTR调控mRNA的加尾、稳定性、翻译效率及定位等。近年来，随着研究的深入及多种组学技术的出现和使用，人们发现3′UTR还具有许多意想不到的功能。本文综述了近年来真核生物3′UTR的新功能及其作用机制的研究进展，并提出了未来3′UTR的研究方向，以期为全面深入地研究真核生物基因功能及调控提供参考和借鉴。

蛋白质-蛋白质相互作用在细胞内的几乎所有生物过程中都扮演着至关重要的角色。近年来，邻近标记技术作为一种前沿实验方法，被广泛应用于细胞内蛋白质相互作用和亚细胞区室空间蛋白质组等方面的研究。这项技术通过在目标蛋白质周围引入化学标记物，实现对邻近蛋白质的标记和捕捉。结合质谱鉴定与分析，邻近标记技术能够以高时空分辨率捕捉蛋白质间的相互作用及细胞区室的蛋白质组信息。与传统方法相比，邻近标记技术凭借其高时空分辨率和高灵敏度，成为研究细胞内蛋白质功能、相互作用及蛋白质空间组学的重要工具。本文系统介绍了蛋白质邻近标记技术的原理、分类及其应用，以期为研究人员提供全面的技术视角，促进蛋白质邻近标记技术在细胞生物学、蛋白质组学以及疾病机制研究中的更广泛应用。

类花生酸(eicosanoids)是由花生四烯酸通过环氧化酶或脂氧合酶代谢产生的C20不饱和脂肪酸氧化后的代谢物统称，主要包括前列腺素类、血栓素、环氧二十碳三烯酸类和白细胞三烯类等。类花生酸介导了昆虫体内多个生理过程，如马氏管和卵巢卵泡等组织的生长发育和细胞的免疫反应。类花生酸在调节昆虫血细胞清除细菌、真菌、寄生物及病毒等细胞免疫和体液免疫通路中发挥着重要作用。本文对类花生酸合成的途径、参与昆虫细胞免疫应答类型及类花生酸与体液免疫之间的联系和影响因素进行了综述，有助于明确其合成途径中的关键酶类及其抑制剂，了解类花生酸在昆虫免疫中的作用，为昆虫病原物与宿主之间的互作机制研究提供理论指导。

万古霉素是一种糖肽类抗生素，是临床治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肠球菌和艰难梭菌等细菌感染的最后一道防线，但目前全球多个国家和地区已发现了多种万古霉素耐药菌。基于“One health”理念，本文统计了近15年国内外40个地区的人源、动物源、环境来源及食品来源的万古霉素耐药菌流行率。统计结果显示，万古霉素耐药菌主要集中于医院及周围环境。南非部分医院废水中的检出率高达96.77%；其次是巴基斯坦和中国台湾医院患者，检出率分别是56.5%和29.02%；国内人源细菌万古霉素平均耐药率(1.41%)要高于国外人源(0.47%)；各地区儿童患者中耐药菌的检出率较低(<1%)。值得注意的是尽管万古霉素禁止在畜禽养殖中使用，但是其耐药菌在畜禽、畜禽产品以及相关环境中都有一定的检出率，对人类健康造成一定威胁。基于统计分析结果，本文对万古霉素耐药菌的耐药及传播机制进行了综述，明确了耐药菌在“人-动物-食品-环境”流行率差异，以期解析万古霉素耐药菌在全球不同宿主中的分布和传播风险，为耐药菌的防控提供参考。

嵌合型Y染色体丢失(mosaic loss of Y chromosome (LOY), mLOY)是指男性部分体细胞因Y染色体(Y chromosome, ChrY)丢失而与非LOY细胞形成的遗传嵌合现象。mLOY主要发现于血液中，不仅因为血细胞易取样，更因为发生LOY突变的造血干细胞在获得竞争优势后可驱动克隆性造血，产生大量携带LOY突变的血细胞。由于结构的特殊性，人ChrY在有丝分裂时易发生异常分离，同时在种系突变、环境暴露、衰老微环境等因素的驱动下，mLOY成为男性体细胞中最常见的获得性突变。早期的人群队列研究显示造血系统mLOY与男性预期寿命缩短以及癌症、阿尔茨海默病和心血管疾病等慢病风险增加显著相关，近期的小鼠模型研究表明mLOY是白血病和心血管疾病的诱发因素。因此，mLOY不仅为众多慢病的发生发展提供了共同的遗传学基础，也为研究人类寿命与疾病风险中的性别差异提供了新的内核。本文首先简述了LOY驱动克隆性造血的人群队列研究进展，随后梳理出mLOY的危险因素、检测方法和小鼠模型的构建策略，并总结了mLOY诱发多种重大慢病的潜在分子机制，最后对mLOY领域的挑战和发展机遇提出了前瞻展望。相关综述成果为深入研究ChrY的生物学功能和慢病的性别差异提供参考。

随着基因组研究的不断深入，越来越多的研究发现结构变异(structural variantions，SVs)在人类进化及疾病发生发展中发挥着重要作用，由此SVs也引起了临床研究的广泛关注。近年来，基因组光学图谱技术(optical genome mapping, OGM)作为一种高分辨率、超长读长、自动化的新型非测序基因检测技术凸显了在SVs研究中的优势。与核型(karotyping)、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，FISH)、染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis，CMA)及高通量测序技术相比，OGM可一次性检测全基因组范围内的结构和数目异常，包括染色体非整倍体、插入、缺失、重复、倒位、平衡易位以及复杂结构变异等，且OGM检测分辨率高至500 bp，因其分辨率高和分析片段长度长的检测特性，又被称为下一代细胞遗传学技术，对基因组结构变异检测具有重大应用价值。本文主要对OGM检测方法及其在疾病相关SVs诊断中的应用研究进行了综述，旨在为SVs在疾病诊断领域中的研究提供参考和借鉴。

动物骨骼肌的基本单位是肌纤维。根据收缩速度和代谢特性，肌纤维主要分为快肌纤维和慢肌纤维，进一步基于MyHC亚型可细分为I、IIA、IIB和IIX型肌纤维，并且肌纤维类型之间可以相互转化。肌纤维的类型和含量不仅决定了肌肉的功能特性，还直接关系到肌肉的品质。与富含快肌纤维的肌肉相比，丰富的慢肌纤维使肌肉系水力高、肉质鲜嫩、风味较好。这些功能和品质差异与不同类型肌纤维代谢特性和结构蛋白组成密切相关。为了确保动物骨骼肌纤维的正常形成和转化，顺式调控元件通过与转录因子及其他调控蛋白互作，实现对一系列肌肉特异性靶基因的表达进行精准调控。本文首先阐述了肌纤维的分类及特性，继而对顺式调控元件在家畜快肌和慢肌纤维形成及其转化过程中的作用进行了综述和展望。本综述旨在深化理解基因表达调控与肌纤维多样性之间的关系，并为改善家畜肉质提供理论支持。

无融合生殖(apomixis)是指植物不经过正常的减数分裂和精卵融合形成胚和克隆种子的一种无性生殖方式。通过无融合生殖方式产生的后代在遗传上与母本植株完全一致，且基因型不随世代更迭而改变，性状也不发生分离。若能成功将无融合生殖引入主要农作物中，实现农作物杂种优势的永久固定，将产生显著的经济效益。孤雌生殖是人工无融合生殖中的关键一环，可以将有性生殖变成单性生殖。本文对近年来植物孤雌生殖基因的研究进行了总结，对已经挖掘到的孤雌生殖基因在单倍体育种以及无融合生殖体系上的应用进行了综述，以便更加深入、全面地了解孤雌生殖，进而为孤雌生殖在无融合生殖中的应用提供重要参考。

阿里地区位于青藏高原西部高海拔地区，自然环境恶劣，但因毗邻尼泊尔、印度和拉达克地区，作为连接中国西藏、中国新疆、中亚、南亚的十字路口，在早期人类的迁移和文化交流中可能扮演着重要的角色。近年来的考古学研究认为早在公元7世纪吐蕃王朝建立之前，阿里地区与克什米尔、尼泊尔、中国新疆等地存在大量文化交流。此外，阿里地区的生业经济也表现出与南亚等地的联系。最新的古DNA研究则从遗传学角度呈现出阿里地区古人群的动态演化历史及与其他地区人群的遗传交流。研究发现高原西部阿里地区古人群的遗传成分主要来自高原南部地区，且高原南部存在多次向西部的人群扩张。同时，阿里地区至少在距今2,300年就开始与邻近的中亚及南亚地区的古人群存在复杂的遗传互动，表明阿里地区与中亚和南亚地区不仅有文化上的互动，而且人群之间亦有着遗传上的交流。本文综合阿里地区古遗传学、考古学及动植物考古等相关研究，系统阐释了高原西部地区古人群的遗传来源、其人群内部的遗传结构，及其与高原其他地区和高原以外地区之间的文化交流和遗传互动等科学问题，为理解青藏高原西部地区古人群迁徙互动历史及其与区域考古文化、生业经济变化模式的复杂关系提供了重要参考。

水稻(Oryza sativa L.)是我国重要的粮食作物，其生长发育过程经常受到稻瘟病的威胁，严重时导致巨大的经济损失。挖掘和利用水稻稻瘟病抗性基因，培育具有广谱抗性的优良品种是目前防治稻瘟病最经济有效的方法。稻瘟病抗性基因一般为编码含有核苷酸结合结构域(nucleotide-binding，NB)和富含亮氨酸重复结构域(leucine-rich repeat，LRR)的基因家族，也被叫做NLR基因，在水稻抗稻瘟病方面发挥至关重要的作用。因此，对NLR基因的挖掘以及阐明其与对应效应因子之间的识别和激活机制，对于培育抗病品种具有重要意义。本文对水稻中NLR基因的挖掘概况、NLR蛋白与稻瘟病菌效应因子之间的识别方式，以及成对NLR蛋白作用机制进行了总结和展望，旨在为水稻抗病育种提供参考。

基因重复指基因组中一个基因通过多样化的分子机制从一个基因拷贝形成两个或多个重复拷贝的过程，是新基因起源的重要途径之一，对真核生物基因组贡献了约为一半的基因，也推动了物种的适应性演化。在过去50年中，特别是近20年进入组学时代以来，演化遗传学领域对于重复基因的产生机制、演化历程与演化动力展开了广泛而深入的讨论。一方面，重复基因的序列相似性带来的功能冗余使机体具有更强的稳健性；另一方面，重复基因的功能分歧带来了新功能与可演化性的提升。本文全面介绍了上述基因重复的机制、重复基因的命运及演化模型，最后展望了三代测序技术、基因编辑等各种高通量技术将进一步推动重复基因在遗传-发育-演化网络中角色的解析。

在生命演化过程中，突变随机产生并被选择固定。同时物种逐步形成，产生各种生命形式。在传统演化理论体系中，突变被默认为遗传突变，体细胞突变仅在肿瘤、免疫和衰老等特定场景使用。选择在生命系统的多个层面发挥作用，包括基因、细胞、组织器官、个体、群体、物种，乃至生态系统。现代生命科学主流研究观点将遗传突变表述为基因型，将细胞类型及其他层面特征表述为表型，并发现表型由基因型和环境因素共同决定。目前，尚不清楚基因型和环境因素在细胞层面的作用机制，以及新细胞类型的产生和固定机制。本文从基因演化研究出发，依托现有演化理论体系，初步论述了细胞类型演化的理论定位和潜在的研究方向。

本文勘误：见 遗传, 2025, Vol. 47 (3): 341.

染色体作为位于细胞核中的基本遗传物质单位，在真核生物的演化历史中经历了广泛和复杂变化，很多变化的模式和机制在各种包括癌症在内的疾病中拥有共性。但很长时间内生物学家只能局限于基于荧光原位杂交技术等分辨率比较低的研究手段。当前日新月异的高通量测序技术正在快速革新人们对不同物种、同一物种不同个体甚至是单个个体不同细胞水平染色体变化的认识。本文聚焦于脊椎动物的染色体演化，概述了染色体重排在物种形成中的作用，驱动染色体重排的分子机制，祖先染色体到现今染色体的演变模式，以及性染色体作为研究染色体演化的一般范式意义，最后讨论了合成生物学为染色体演化研究领域带来的新机遇和挑战，以期为理解和研究脊椎动物的染色体演化提供新的见解和参考。

性染色体的起源与演化是生物学领域长期关注的研究方向，动物界研究最多的两种性染色体系统是XY系统和ZW系统。Y/W染色体退化导致性连锁基因沉默和缺失，与常染色体基因以及同配型(XX/ZZ)的性连锁基因相比，异配型(XY/ZW)的性连锁基因剂量减少。针对性染色体与常染色体的剂量失衡问题，目前已经提出了多种模型解释剂量补偿的进化机制。基于性染色体剂量效应研究的复杂性，本文首先总结了哺乳动物的转录组、蛋白质组、单倍体、单细胞等多个角度的研究结果，随后在多物种中总结了性染色体剂量效应在多个系统发育分支情况，最后归纳了剂量效应的理论模型以及研究展望。

由严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)引起的2019冠状病毒病(coronavirus disease 2019，COVID-19)大流行给人类生命安全和全球经济造成了巨大冲击。SARS-CoV-2基因组的快速变异引起了广泛关注，基因组中几乎每个位点都发生过单核苷酸变异(single nucleotide variants，SNVs)，其中刺突蛋白上的变异在病毒的适应性进化和传播中起着尤为关键的作用。本文综述了SARS-CoV-2及非人类动物中相关冠状病毒的系统发生关系，并深入分析了SARS-CoV-2的谱系划分以及关键氨基酸变异对病毒生物学特性的影响。此外，本文还概述了当前面临的挑战，并展望了深度突变扫描(deep mutational scanning，DMS)结合人工智能方法在预测新冠病毒变异株流行趋势中的广阔应用前景。

肿瘤本身是一个复杂的微生态系统，存在复杂时空动态和多维度的互作关系，其超乎想象的异质性与演化能力已经超出了传统肿瘤医学的认知。如何系统性地从物质、能量、信号多层面上的动态、互作去刻画整个肿瘤的细胞生态圈，以期从中挖掘对肿瘤发生发展的新认知、新规律和新疗法，是肿瘤生态学新的命题和目标。本文从进化生态的角度探讨肿瘤的起源与发生发展规律，首先探讨了生态学的一些经典概念在肿瘤演化中的应用；随后通过整合前沿的肿瘤生态学进展从癌细胞之间、癌细胞与其他正常体细胞之间、肿瘤生态系统等多层次，揭示了生态互作对肿瘤发生发展的重要性。最后基于以上论述，提出肿瘤的细胞生态圈的概念，并探讨了后续如何从系统论刻画整个肿瘤生态系统并提出可能的创新治疗方向。

回声定位是一个由多个系统协作的、高度特化的复杂生物性状，它的起源最早可以追溯到6,800万年前，并在随后的生物演化历程中反复出现在多个脊椎动物类群中，表现出强劲的生命力并成为自然界中性状趋同演化的典型案例。然而，直到20世纪初人类才真正揭开动物回声定位研究的序幕，成为动物学、行为学、遗传学等领域的研究热点，并在过去的80多年间取得了丰硕的成果。本文回顾了动物回声定位研究的发展历史，概述了不同回声定位动物类群，重点阐述了回声定位在发声机制、声学特征和高频听力机制方面的研究进展，以期为全面了解动物回声定位提供参考。